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明朝建立後,朱元璋認為天下只有自己的子孫可靠,又懲前代帝室之孤立無援,為保持朱姓天下的長治久安,一面厲行君主集權,一面又實行分封制度。
他把二十四個兒子和一個從孫封於各地為王,遂種下日後宗室內亂、骨肉相殘的禍根。時分封於北方的有秦王樉(封於西安)、晉王棡(封於太原)、燕王棣(封於北平)、代王桂(封於大同)、谷王穗(封於宣府)、寧王權(封於大寧)、遼王植(封於廣寧)、慶王栴(封於寧夏)、肅王楧(封於甘州)等,稱為「塞王」,命其駐北疆、防禦蒙古。分封於內地的有周王橚(封於開封)、齊王榑(封於青州)、楚王楨(封於武昌)、潭王梓(封於長沙)以及蜀王椿(封於成都)等等。其中北方諸藩勢力特別大,如寧王「帶甲八萬,革車六千」,「而晉、燕二王,尤被重寄」,甚至「大將如宋國公馮勝、穎國公傅友德皆受節制,又詔二王,軍中事大者方以聞」,太祖還令燕王「節制沿邊士馬」,賦予其很大的權力。方太祖始行分封,葉伯巨曾上書云「裂土分封,使諸王各有分地」恐日後成「尾大不掉」之勢,並以漢初「七國之亂」、晉初「八王之亂」說明「分封逾制,禍患立生,援古證今,昭昭然矣!」但朱元璋根本聽不進去,反以「離間吾骨肉」之罪把葉伯巨監禁致死。
到洪武三十一年(一三九八年),朱元璋死,時長子朱標早死,於是由皇太孫朱允炆繼任,即惠帝(一三九八 -- 一四○二),年號為建文。原來朱元璋生前有更換皇儲之念,想以四子朱棣為太子,後來因大臣勸阻乃罷。故朱棣對其姪之登基頗為不滿。另一方面,建文帝在當皇太孫時,就已感到「諸王以叔父之尊多不遜」「擁重兵,多不法」,因此他即位後就在大臣齊泰(? -- 一四○二)、黃子澄(一三五○ -- 一四○二)等的贊襄下,著手削奪藩王,終於導致了藩王之反叛。
明初之藩王反叛即歷史上所謂「靖難之變」,它指的是明太祖死後其四子燕王朱棣起兵奪取皇位的一場王室內亂。其經過大略如下︰
(一)燕王起兵︰惠帝登位後,立即實行削藩,先廢周、湘、齊、代、岷等五王,次將及燕王及其他藩王。久蓄異志之燕王以祖訓云「朝無正臣,內有奸惡,則親王訓兵待命,天子密詔諸王統領鎮兵討平之」,遂打出「清君側,靖內難」之旗號,以誅齊泰、黃子澄為名,於建文元年(一三九九年)七月在北平誓師討逆,史稱「靖難之變」。
(二)京師失陷︰燕王起兵後,連拔諸地,聲勢浩大。時功臣宿將已遭太祖誅戮殆盡,惠帝無可用之良將,先後命耿炳文、李景隆統兵北討,但屢戰屢北。然燕軍攻至濟南,被山東參政鐵鉉所阻,雙方相持了三年之久。後燕王得中官密報,而知京師空虛,乃於建文四年(一四○二年)六月揮師渡江,「都城陷,宮中火起,帝不知所終」。關於建文帝的下落,始終是一大疑案,或謂建文帝在城陷時自焚,「燕王遣中使出帝后屍於火中」,一說他從地道出亡,改換僧裝,流浪各地,自號應文。也有的傳言建文帝蹈海而去,故成祖乃遣鄭和屢下西洋訪其蹤。
(三)成祖即位︰朱棣在攻陷京師後,即於是年六月登上帝位,是為成祖(一四○二 -- 一四二四)。燕王在初發兵「靖難」時,已宣佈去建文年號,稱建文元年為洪武三十二年(一三九九年),登基後次年(一四○三年)改元永樂,以京師應天府為南京應天府,以北平為北京順天府,並著手大修之。永樂七年(一四○九年)後,成祖經常駐驆北京,十五年北巡後即不再南返。永樂十八年(一四二○年)九月詔以北京為京師,十二月下詔遷都。十九年,正式改南京為陪都(後稱留都)。
成祖即位後,首先大肆屠殺忠於建文帝的舊臣,被誅連而處死、充軍者達數萬人,較之歷朝亡國之禍實有過之而無不及。如隨黃子澄而死的有族子六十五人、外戚二百八十人。兵部尚書鐵鉉因抵抗最力,被執至京師慘受折磨,他背立於朝堂上不肯回顧,燕王乃令割其耳、鼻,最後磔之,至死喃喃罵不絕。名儒方孝儒對燕王之造反深惡痛絕,曾多次起草討伐燕王之詔檄,及成祖即位,令其擬草詔宣示天下,謂「宣詔天下,非先生執筆不可!」孝儒大批數字,擲筆於地,且哭且罵曰「死即死耳,詔不可草!」成祖不覺大怒道︰「你難道不怕誅九族嗎?」孝儒大聲謂「便十族奈何?!」後果然於九族之外,大收其門生、故朋而滅之,謂之「滅十族」,因孝儒而坐死族誅者共八百七十三人,其餘外親之流配充軍者又有一千餘。
靖難之變對明代歷史有一定影響。它使智勇而有大略的明成祖登基,內則加強中央集權,外則大力鞏固邊防,使永樂年間成為明朝的鼎盛時期。不過靖難之變卻也開啟了宗室內亂,它是明朝宗室內亂的首次,繼之的有後來宣宗時的高煦之亂,武宗時的寘鐇之亂和宸濠之亂。靖難之變中,燕王曾以宦官為內應,盡悉京師虛實,故即位後遂寵信宦官,埋下日後閹宦專權亂政之禍根。