僻護工廠的薪資低於基本工資這樣有無違反勞基法?

沒有。庇護工場一般都不受任何國家勞動最低標準法保障。

勞動基準法第3條第3項 - 本法適用於一切勞雇關係。但因經營型態、管理制度及工作特性等因素適用本法確有窒礙難行者，並經中央主管機關指定公告之行業或工作者，不適用之。