Please tell me what does it mean? 與 Please tell me what it means? 哪個正確?

Please tell me what it means.
這才正確，因為是「間接問句」（即名詞子句當作動詞tell的直接受詞），不能用倒裝的「直接問句」句型（即加上does在主詞it之前是錯誤的）。

Please tell me what it means.才對唷
句尾是加句號不是問號唷

其實兩句都可以正確，問題應該是你要"查問"的it是甚麼，和你跟對方說話的是誰。

因為：
Please tell me what does it means?是請教別人的語法(語氣是你其實真的不明白)
Please tell me what it means?是命令語法(語氣是你要求對方"作出解釋")

當然日常對話一般平常語氣的話用Please tell me what it means.是較為常用的。
但從文法和句意來說，由於你加了Please這個禮貌詞，因此Please tell me what does it mean.是formal的英文句式。