為什麼科學革命之後，科學和宗教的界線就模糊掉了。?

科學這東西很特別，它依附的理論基本上是原子論。換言之不管生物、物理、化學，這三種學問都立基於原子和原子之間碰撞的理論。原子論基本上是一種唯物論的思想，而宗教是一個唯心論的思想。所以科學本身，我敢說在座很多學科學的同學在進實驗室時，如果你不是一個唯物論者，你根本不能當科學家；但是你離開實驗室時你可以去信你的基督教，這個沒有問題。

所以科學跟宗教之間，有這麼一點內在的緊張關係，這就是因為科學整體預設的立場都是唯物的立場，而這個立場是不容我們改變的，這是一個事實。所以物理學也講粒子，化學也講粒子，生物學講的是分子（molecule），整個觀念就是說：所有的現象都是粒子，不需要假設一個上帝來干預這些事情。所以相信科學的人就相信上帝與人之間，有一個緊張關係。原來教會是帶動科學進步，後來科學發展的結果就反過來認為不需要有上帝這個假設。

所以最後有一句話是：「楚門，我是你的創造者（Truman, I am your creator）。」這時大家都在笑，因為在科學的世界中還講什麼創造者，就是這個意思。科學和宗教之間有一個緊張的關係。但是如果科學應用數學超越經驗範圍時，那麼原先在自然語言下理解的唯物原子論也成為質疑的對象，因而也導致宗教與科學之間的界線漸趨模糊。

科學家、不信教者和教會

　　在十六世紀初，大學還保持著國際性特徵，科學家在學術交流中也都還有所保留，但到了十六世紀末時，學者間盛行的挑戰之風帶來了真正的交流，這時大學便失去其國際性特徵，只具有地區性作用罷了。儘管拉丁語仍是國際科學界的正式語言，越來越多的通信聯繫是利用本國語言進行，埃克斯地區的議會議員佩雷斯克(Peiresc，西元1637年)就充當過學術界的「信箱」。
　　不過，不論是西元1660年還是西元1770年都不是科學發展史上有轉折意義的年份，因為在這一時期科學史的發展已經成了一個連續的創造過程，它的每一個小階段都是在不同領域內取得的發現串聯而成的，因此那個時候的科學知識是一體的、包羅萬象的。
　　哲學詞彙可以同時包含精確的科學(指數學、物理等學科)、道德科學和政治科學。因此孟德斯鳩(Montesquieu)常將其主要原則及觀點的獲得，歸功於馬勒伯朗士(Melebranche，西元1637～1715年)；而喬治‧布豐(George Buffon，西元1707～1788年)則將其歸功於萊布尼茲(Leibnitz)。共同的文化遺產把各國知識聯合起來，並從中產生許多學者，這樣形成了人們所說的歐洲科學界。另外一些激烈的大辯論使這個科學界更加充滿了活力，其中最著名的辯論是由笛卡兒(René Descartes)和牛頓(Isaac Newton，西元1642～1727年)兩人引發的大辯論。
　　不過當時大多數人都認為，科學與形而上學是緊密相聯的。雖然科學精神的覺醒所帶來的理性主義發展並沒有動搖大部分學者的信念，但他卻為那些被稱為不信教者提供了理論依據。像是《自然之謎》(Secrets de la nature，西元1616年)一書的作者瓦尼尼(Vanini，他最後在土魯斯被判處焚刑)，與斯賓諾沙(Baruch Spinoza，西元1632～1677年)的獨特神學思想－「宇宙及神論」(Pantheism)便被人們認為是無神論，而進行多方的指責。
　　不信教者們在某種程度上，引起教會對科學起了懷疑。然而羅馬教會並沒有拋棄科學所提供的那些實用方面，正因為如此西元1582年教皇格里高里十三世(Gregoire XIII)就請人編了一部取名為《格里高里曆法》的特殊曆法，以適應太陽運動的準確性。這部曆法很快就被天主教國家所採用，更在西元1700年被信仰新教的德國，以及在西元1752年被英格蘭接受。
　　儘管如此，教會還是對可能傷害到上帝的宗教思想提出嚴厲的批判，所以當伽利略強調哥白尼學說時，發現哥白尼學說與聖約的中心思想觀念發生衝突後，便讓哥白尼學說體系在西元1616年遭到教廷聖職嚴厲的批判，並勸伽利略放棄這個學說。雖然伽利略表面上屈服於教廷，但不久後又公開地堅持「地球並非是宇宙的中心，且並非靜止不動」的觀點，讓教廷聖職在西元1633年強迫他簽下公開放棄的一紙聲明。伽利略一案讓我們看到，阻止科學家前進的障礙仍然是舊約全書一類的文字。
　　不過雖如此，但當時有文化、有知識的公眾仍是文明的業餘愛好者，由於他們對科學的關注，使他們在宗教的沉思、良心的審檢、自我控制能力的訓練、人類情感的分析和風格的研究上花的時間減少了，而花更多的時間在於對自然的觀察和哲學思考，因此科學知識並沒有因此受到嚴重的阻撓。