黑番茄肥料以氮肥的效果最為顯著,鉀肥也不可缺少,氮肥與鉀肥的用量是普通番茄的倍數,這樣有利於是黑色素的產生。施用不足時,植株生育衰弱細瘦,產量低少;施用過多時,莖粗葉大,易引起徒長、落花、缺鈣症和發病,且所結的果實較為扁平畸型。磷肥能促進新根的發育,增加授粉率,在生育初期較為重要。黑番茄因缺乏鈣質(石灰)和硼素而造成品質下降和容易發生病蟲害,故應注意合理施用。應參照土壤肥力、栽培方式、肥料來源和價格、當地施肥經驗等斟酌施用。一般以有機肥為主,堆肥畝用2000公斤以上,氮:磷:鉀肥料的比例為22:10:19最佳。堆肥以深施、早施為主,為了增加黑番茄的品質與快速提高糖度,畝可追施100公斤的菜餅肥。
黑番茄整枝栽培時,基肥開溝施入土深層處,追肥第一次在定植活著後(約定植後10天),環施在株週10cm處;第二次在插立支柱前,施在畦之邊緣,然後培土;第三次在第二次後20~30天,施在畦溝邊。追肥後灌水。
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