1994年於施政報告公布興建將軍澳醫院,1996年開展地盤平整工程,1999年中工程興建工程竣工。
1999年12月28日專科門診開始分期投入服務,而日間手術服務於2000年2月開展投入服務,住院服務則於2000年4月26日開展投入服務,急症室服務於開院初期2000年7月26日只提供16小時服務。
2001年2月5日將軍澳醫院正式全面投入服務當中包括24小時急症室服務。2006年4月7日在醫院管理局資助及香港浸會大學支持下於醫院一樓開設基督教靈實協會暨香港浸會大學中醫診所及臨床教研中心,該中心由基督教靈實協會負責營運。
2008年9月將軍澳醫院展開第二期擴建計劃的第一階段,為一座耗資19.4億港元,樓高11層的日間醫療服務大樓,於2012年3月12日啟用[1],並且隨即展開主座大樓第二階段的改建工程,預計於2013年第一季完成整個擴建工程。[2]日間醫療服務大樓可以額外提供178張床位,及容納擴充後各種專科門診及日間護理中心,增加設置精神科服務及磁力共振掃描診斷等。
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