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軍機處乃因事而設,事平未改,並無官署尊官。成員由皇帝從滿、漢大學士、尚書、侍郎中挑選出來,並無定員,全為兼職,設領班一人,稱首席軍機大臣,下有軍機章京、軍機行走等成員,按表現者逐級上升。其職權為每天進宮,根據皇帝起草詔令,處理官員上奏奏章、文書,其初只管軍事及後軍國大事無所不管,自雍正後一百八十年間「威命所寄不於內閣而於軍機處,蓋隱然執政之府矣。」《清史稿》其詔令密封,每不經內閣、部院,直接下達地方督撫,地方督撫亦可由軍機處大臣,直達其奏摺於皇帝。而大臣與章京間雖有上下之別,但並無從第之分,亦可避免朋黨之生。總言之,軍機處權主在滿,在皇帝手中「乾綱獨斷」,大臣只是承帝旨做事,由皇帝直接管理地方督撫,皇帝之權力較之明更為至高無上。