急問一些有關現在完成式的問題?

錯誤。你應該說：
Why did you do that?
應該用「過去簡單式」因為時間點明確是yesterday。
而且英語有不重複的習慣。回問時，你不能重複用Tom所用過的詞。

因為你是接續Tom的話在問，使用助動詞do代替apply，但時間點還是過去的yesterday。用「現在完成式」時，時間座標是「現在」(now)，跟apply的發生的時間不合。所以錯誤。

除非你不知道Tom是yesterday做了那事（但Tom已經明講了！），你才能用「現在完成式」來問「以前」是否曾發生過這事。即：Have you applied for the Chinese test yet?「現在完成式」是發生在過去，但結果「迄今」猶存的狀況（不能給過去的時間座標），對問的人來說，結果比發生的時間點重要，他在乎的是有沒有這回事。