名偵探柯南VS黑衣人以及FBI赤井秀一

版主說的黑衣人是傷疤赤井嗎?
版主列的表 已經是504~581之間所有和組織有相關的集數了(沒有漏掉喔~)

而在581後和主線劇情比較相關的角色包括
波本、安室透、世良真純、沖矢昂這三個人

世良真純出現集數646 幽靈飯店的推理對決（上集）
647 幽靈飯店的推理對決（下集）
648 偵探事務所監禁事件（爆發）
649 偵探事務所監禁事件（狙擊）
650 偵探事務所監禁事件（解放）
651 柯南vs平次 東西偵探推理勝負（1小時特別版）
656 博士上傳的影片（上集）
657 博士上傳的影片（下集）

安室透登場667 婚禮前夕（上集）
668 婚禮前夕（下集）三人關係的謎團
671 偵探們的夢幻曲（事件）
672 偵探們的夢幻曲（綁架）
673 偵探們的夢幻曲（推理）
674 偵探們的夢幻曲（波本）
675 連一毫米也不原諒（前篇）
676 連一毫米也不原諒（後篇）
681 以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始）
682 以性命為賭注的戀愛轉播（窮途末路）
683 以性命為賭注的戀愛轉播（衝入現場）
684 泡沫、水蒸氣與煙霧（上集）
685 泡沫、水蒸氣與煙霧（下集）
690 工藤優作未解決的事件（上集）
691 工藤優作未解決的事件（下集）
699 逼近灰原秘密的黑影（上集）
700 逼近灰原秘密的黑影（下集）

再來是波本身分曝光的這幾集

701 漆黑的特快列車（發車）702 漆黑的特快列車（隧道）703 漆黑的特快列車（交叉）704 漆黑的特快列車（終點）


最後是傷疤赤井、沖矢昂身分曝光的這幾集
791~795 緋色的搜查官系列

另外可以去看一下2014的劇場版 異次元的狙擊手

另外明年2016的劇場版也和黑衣組織相關~

2015-07-24 10:18:51 補充：
補回答~
706揭開謎底的波本
727~728堆滿水果的寶箱
734茱蒂的追憶與賞花的陷阱
744~745嫌疑犯是京極真
759意外結果的戀愛小說(前篇)

這幾集也和組織相關喔~

自從失戀後,看到路上成雙成對,就格外放閃,嘴巴瀟灑說只是少一個人來愛,但不可否認還是希望可以多多認識新的朋友,
往認真爬文3個月以上,終於找到隱藏在網路中,傳說中的李姐,
在今年3月初就預約來找,果然是口碑相傳,不做廣告的,我排第3次就遇到雙方非常有感覺的,目前是暫停排約,
李姐那邊可以暫停排約1次,會員時間可以展延拉長時間,也在這段時間可以觀察對方.
推薦給有需要的朋友參考

赤井再度出現是在動畫779~783緋色系列
在此之前他都一直以沖矢昴的身分做偽裝(登場集數:http://baike.baidu.com/view/1386086.htm)

黑衣組織集數:701~704漆黑的神秘列車系列
由於跟組織成員"波本"有關，所以建議也要看才能做連結
(登場集數:http://baike.baidu.com/view/6686660.htm)