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「苗栗事件」和「噍吧哖事件」( 也稱西來庵事件 )是不同的事件。
明治45年至大正2年(1912~1913)間,日本殖民政府在台灣各地偵破數起抗日陰謀(企圖抗日而未遂),由於這些事件在性質與時間上接近,且破獲後一併於苗栗審理,因此合稱為「苗栗事件」。
苗栗事件以在台組織革命黨的羅福星為主,同時尚有陳阿榮的南投事件、張火爐的大湖事件、李阿齊的關帝廟事件、賴來的東勢角事件,苗栗事件前,在台灣所發生的抗日游擊事件,以及其他抗日運動,大多是一時性的暴動或利用迷信的非近代性運動。可是苗栗事件不同,它的組織嚴密,明顯受辛亥革命思想的影響,與大陸的革命勢力有關聯而受注目。就是說,它是台灣抗日運動中劃時代的大事件,是一種有明確政治目的之革命運動。
噍吧哖事件的主謀者是余清芳,所以此事件又被稱為「余清芳事件」;余清芳透過台南市的廟宇西來庵招募黨徒,西來庵是其密謀起事之地,所以此事件也被稱為「西來庵事件」;而抗日行動爆發的地點在噍吧哖,所以通稱此事件為「噍吧哖事件」。
余清芳藉托宗教進行抗日革命,開始宣傳宗教的救贖,以宗教迷信方式來號召群眾。宣傳台灣已出現神主,將助台人驅逐日人犬虜,建立「大明慈悲國」,台人得以減輕賦稅,參加革命的可論功行賞。他的信眾日漸增加,終於驚動日本警察情治當局。此事件南北串連,包括台北、彰化、南投、嘉義與台南等地區。它算是台灣在中期的抗日革命戰爭中規模最大而且犧牲最慘烈的抗日革命。