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1988年(民國77年)1月13日,患糖尿病多年的蔣經國病逝,副總統李登輝繼任總統。繼續延續蔣經國總統民主化、本土化的改革路線。李登輝繼任總統後,首先最大的一項政治改革就是解決1947年(民國36年)以來,即未再改選的「萬年國會」問題。1988年(民國77年)11月7日通過「第一屆資深中央民意代表自願退職條例」草案,翌年(1989年)元月26日立法院隨即通過此條例。不過隨後仍遇到許多波折,終於在1991年(民國80年)12月30日完成所有第一屆資深中央民意代表退職,順利產生第二屆的國會。
李登輝總統掌政後,省、直轄市長,以及總統直選的訴求也逐漸顯出。1994年(民國83年)12月3日,台灣首先完成有史以來第一次的省長,及北、高兩直轄市長的民選,由國民黨的宋楚瑜當選首屆民選省長,民進黨的陳水扁與國民黨的吳敦義,分別當選北、高兩市市長。同時在1994年(民國83年)7月29日,國民大會也完成三讀,通過「總統選舉方式將改由中華民國自由地區全體人民直接選舉之,自民國85年(1996年)第九任總統、副總統選舉實施」的條文。
1996年(民國85年)3年23日,台灣終於舉辦有史以來首次總統的民選。共有代表國民黨的李登輝、連戰,代表民進黨的彭明敏、謝長廷,以及退出國民黨的林洋港、郝柏村和陳履安、王清峰等四組人馬參選正、副總統,最後由李登輝、連戰當選第一屆的民選總統、副總統。