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康熙22年(1683年),施琅率艦攻打台灣,結束了鄭氏三代在台灣22年的經營。之後在施琅的強烈建議下,台灣納入大清帝國的版圖。
清朝雖然將台灣納入版圖,但深恐明鄭殘餘勢力會藉機死灰復燃,因此對台統治採取種種防範及限制政策。清廷對於移民來台,更是採取極嚴格的限制政策,一直到光緒元年(1875年),在欽察大臣沈葆楨建議下,清廷才完全取消限制的政策。當時來台的移民,多會集合同鄉而成聚落,一則可互相照顧,二則可共同對抗不同族群來搶爭地盤。清廷亦默許同一族群集群居為庄,一則可避免不同族群混居造成衝突;此外,萬一社會發生動亂時,官府亦可利用不同族群之間的利益矛盾,分化其團結,以有利清廷的統治。
清朝統治的二百年期間,台灣的平原土地都已完成開墾。農業開墾,大多是由民間自行組織的墾戶所開發出來,官府多只扮演審核、監督及課徵稅收的角色。
清朝時代,未被開墾的荒壤,稱為「埔地」或「荒埔」。有興趣拓墾的團體或個人,稱為「墾號」或「墾戶」,可向政府提出拓墾申請。 初期,漢人來台拓墾以無主的荒埔為主,而隨著時間演進,可供開發的土地愈來愈少,至雍正二年(1724年)時,清廷開放漢人可開墾平埔族的土地,於是漢人透過承租、交換或借貸,或者入贅的方式,以取得平埔族人的土地。期間,也有漢人以欺騙或武力的方式掠奪平埔族人的土地。
在1860年以前,台灣對外的貿易以國內貿易為主,將剩餘的農產品及農產加工品輸往對岸的大陸地區。主要的輸出品是稻米和蔗糖。由於中國大陸從明末清初以來,手工業己相當發達,而台灣為新闢的移民社會,無法立即建立本土的手工業,因此以所生產的農產品交換中國大陸的手工產品,反而較自行發展手工業有利,而形成兩岸區域分工的現象。
當時從事兩岸貿易的商行,稱做「郊商」。各個港口郊商常組成同業公會,稱為「行郊」。台灣當時的行郊以國內貿易為主,交易對象為中國沿海的港市。而行郊依產品不同而有「糖郊」、「茶郊」、「布郊」等各種的郊商。
台灣未開放對外通商以前,稻米與蔗糖是出口的大宗,以國內貿易為主,經濟的重心在台灣南部。台灣府的府治設於台南市。因此台灣的政治及經濟中心都在台灣南部。 1860年以後,台灣開放開埠,貿易的對象擴大,以出口為導向的貿易成為帶動台灣經濟成長的重要動力。當時外國對台灣樟腦的需求量極大,而樟腦主要生產於台灣中、北部山區,因此加速北台灣的開發。 茶葉更是繼樟腦之後,成為台灣開港後重要的出口產品。
台灣早期生產的茶葉品質欠佳,較少出口,也沒有大規模種植。開港後,英國商人陶德於同治5年(1886)從福建安溪引進茶樹,在台北木柵一帶試種,又投資製茶廠,成功改良台灣的茶葉,並命名為「烏龍茶」;三年後,開始外銷,受到國際市場歡迎,帶動台灣茶葉外銷的榮景。直到清末時,台北盆地及桃園、新竹的山地丘陵遍植茶樹,北台灣的經濟更趨繁榮。
台灣開港之後,茶葉、樟腦與稻米成為台灣三大出口品,而前兩者的產地都以北台灣為主,使得台灣的經濟重心北移,淡水取代安平港,成為台灣最大的國際港。台灣建省之時,原本劉銘傳選定設省府於台中,最後落腳於台北城,其背後亦反映出北台灣經濟實力的崛起,台灣的政治中心終於亦隨之而由南而北移。