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黑臉琵鷺主要以沿岸淺水地帶的魚蝦為食糧。東亞大部份的沿岸地區承受稠密人口及工農業活動帶來的重大壓力,導致生境地破壞及污染。台灣的曾文溪口正面臨重要的工業計劃威脅,而香港后海灣所承受的壓力也逐漸增加。
黑臉琵鷺只在東亞地區出沒,全球數量估計約2,700隻,被《世界自然保護聯盟紅色名錄》列為「瀕危」物種。每一年,只有約30對黑臉琵鷺繁殖。
全球數目稀少,黑臉琵鷺容易面臨絕種威脅。要繼續生存,牠們的主要繁殖地必須得到長久保護、越冬範圍內的沿岸濕地不受污染,兼備大量食物,以及避免致命的疾病或感染。
每年在港越冬的黑臉琵鷺,平均佔全球總數兩成。米埔基圍是黑臉琵鷺的核心棲息地區,供牠們停棲和覓食。對此,世界自然基金會責任重大,負責管理米埔,為黑臉琵琶維持棲息地。