印尼土著主要分為馬來人及美拉尼西亞人,同屬南島民族,馬來人包括爪哇族、巽他族、馬都拉族及巫族,也有少部份占族,主要為黃種人成份;美拉尼西亞人包括伊利安查人及新畿內亞人,主要為黑人成份。
馬來人及美拉尼西亞人其實都是由亞洲大陸渡海而來的南島人所形成,並非真正的土著。美拉尼西亞人是南島人跟更先在當地居住的矮黑人融合而形成的,語言及文化都南島化。
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印尼分成四個地理區,從西到東為:大巽他群島,包括蘇門答臘、爪哇、蘇拉威西、加里曼丹四大島;努沙登加拉群島,即小巽他群島,包括巴里、帝汶等;馬魯古群島,舊稱摩鹿加群島,以出產香料著稱;以及位於新幾內亞島西半部的伊里安查亞,在這些星羅棋佈的小大島嶼上,總共住著有以馬來族為主的三百多個民族,其中最大的是爪哇族,有一億人之多,所以印尼的語言、文化與政治中心,都在爪哇人手中。