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1913年3月,宋教仁被暗殺,孫中山認為袁世凱是元兇。孫中山反對法律程序解決,力主南方各省起兵反袁,稱為二次革命,開民國武力解決政治爭端先河[參 33]。由於實力不足,二次革命旋即失敗。孫中山1913年8月2日由上海乘德國船舶潛逃至福州,之後轉往台灣的基隆,隨即再乘日本船舶信濃丸赴日本尋求援助。袁世凱則於是年10月15日以北京總檢查名義通緝孫中山及二次革命首要[參 34]。在日本內閣的默許下,孫中山經門司、神戶,最後從橫濱進入東京[註 4]。
1914年,孫中山在日本建立中華革命黨,並兩次發表討袁宣言[參 33]。中華革命黨要求黨員向孫中山個人絕對效忠,要按手模宣誓;並且將黨員按入黨時間分成等級,享有不同待遇。部分同時流亡日本的國民黨員對此反對,原同盟會中重要人物如黃興、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明等俱未有加入。該年7月,孫中山派蔣介石(化名為田雄介)與丁景梁等人秘赴東北策動討袁軍事,並對蔣表示,「日本人如果不將東北和台灣交還我們,並保護朝鮮的獨立,我們國民革命運動是不能停止的,你要將這個意思告訴日本將領」。蔣介石後在東北時將孫的話表達予「一位日本聯隊長」:「聽了我的話大為不滿,面紅耳赤而去。第二天就請我離開東北。」[參 36]
1915年10月25日孫中山與宋慶齡在日本結婚。12月12日,袁世凱在北京稱帝。1916年5月1日,孫中山回到中國,住於上海租界區。5月9日,孫中山發表《討袁宣言》,號召推翻袁世凱。
1917年7月張勛復辟,孫中山號召護法,時任廣東省長朱慶瀾邀孫赴粵,並派程璧光之獨立海軍載孫中山、唐紹儀、汪兆銘、伍廷芳等人和部分國會議員南下廣州。抵達廣州之時,段祺瑞「保護共和」已經成功驅逐張勳,但是拒絕恢復被張勳廢止的1913年選出之國會。孫中山號召國會議員南下,召開國會非常會議,展開護法運動(亦稱三次革命),組織護法政府並就職爲大元帥,誓師北伐[參 33]。但廣州護法政府逐漸由舊桂、滇系軍人控制,孫中山實力有限,甚至出現「政令不出士敏土廠(大元帥府)」的情況。孫中山曾嘗試發動兵變而未果。1918年桂、滇各系控制國會改組護法政府,以七總裁取代大元帥,孫中山被架空,被迫去職。
1919年10月,改中華革命黨為中國國民黨[參 37]。1920年8月,陳炯明成功擊退盤踞廣州一帶的桂、滇系,請孫中山重回廣州,11月28日孫中山從上海回到廣州。1921年4月2日,廣州非常國會取消軍政府,改總裁制為總統制,4月7日選孫中山為大總統(習慣上稱為非常大總統),孫中山宣誓就職,開始第二次護法運動,又稱作三次革命。
1922年5月,直奉戰爭直系獲勝,恢復約法和國會。在粵國會議員紛紛北上。陳炯明主張停戰,實行聯省自治,而孫主張繼續軍事北伐,最終產生激烈衝突,於1922年6月爆發炮擊總統府事件,孫中山離粵退居上海。