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雖然中國歷史說新疆屬中國自漢朝開始,不過中間離離合合,明朝曾經佔有哈密一帶,不過後來被葉爾羌汗國搶去。
新疆成為今中國領土始於清朝時期,乾隆平回部,後來新疆建省。
新疆本土居民屬維吾爾族,不過並非完全的土著,是由入侵的回鶻人同化及融合南疆綠州好像于闐、疏勒及龜茲等地的白種土著而形成的,屬黃白混血種,又以黃種人成份為主。
http://big5.fmprc.gov.cn/gate/big5/www.fmcoprc.gov.hk/chn/xwfb/zfbps/t55581.htm
1757年,清朝平定長期割據西北的準噶爾政權。兩年後,清朝平定伊斯蘭教白山派首領大、小和卓(大和卓波羅泥都、小和卓霍集佔)叛亂,鞏固了對西域各地的軍政統轄。在管理制度方面以1762年設立的“伊犁將軍”統一行使對天山南北各地的軍政管轄,官府駐地在“惠遠城”(今霍城縣境),分設都統、參贊、辦事、領隊大臣管理各地軍政事務。清朝政府依據“因地制宜”、“因俗施治”的原則,對天山北部漢、回族居住區實行郡縣制管理;在伊犁地區和天山南部各地維吾爾族中維持當地的“伯克制”,但是伯克(突厥語音譯,地方官吏稱號)的任免權歸于中央,並嚴格實行政教分離;對蒙古族和哈密、吐魯番地區的維吾爾族則實行“扎薩克(蒙古語音譯,意為支配者)制”,即冊封王、貝子、公等世襲爵位。清朝政府在官員的任用方面還採取了以滿族為主、各族官員並用的政策;經濟方面,推行以農業為主,農牧並舉的經濟措施,採取減輕賦稅,確定財政定額補貼制度等。清朝統治時期,新疆的社會經濟得到了穩步的發展。
1840年鴉片戰爭以後,新疆受到沙俄等列強的侵略。1875年,陜甘總督左宗棠就任欽差大臣,督辦新疆事務。到1877年底,清軍陸續收復了中亞浩罕汗國(費爾幹納)阿古柏侵佔的天山南北諸地。1881年2月,清政府收復被沙俄強行佔領長達十一年之久的伊犁。1884年,清政府正式在新疆建省,並取“故土新歸”之意改稱西域為“新疆”。新疆建省,是清朝政府對歷朝各代治理新疆的一次重大改革。自此,由巡撫統管全疆各項軍政事務,新疆軍政中心由伊犁移至迪化(今烏魯木齊)。至1909年,新疆省下轄4道,道以下共隸有6府、10廳、3州、21個縣或分縣,新疆行政建置與內地完全一致。