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1911年底,局勢已經分明,清朝的崩潰指日可待,然而新的問題也在暗中醞釀。
1912年1月1日,中華民國宣告成立,孫中山宣誓就任臨時大總統。可是共和國並沒有得到西方列強的支持。西方列強同國內的舊勢力一致支持集官僚、政客和軍閥於一身的袁世凱,企圖借助這個「強有力的人」終止革命,恢復舊有秩序。另一方面,革命黨人在這重要時刻不但未能加強領導,反而渙散分化;同盟會改組為國民黨,削弱了原有的革命精神。因此,臨時政府在處理政治、經濟和軍事上都極為困難。
在這種情勢下,孫中山在清帝退位的同時宣布「薦袁以自代」,決定讓位給袁世凱。孫中山的辭職,意味著辛亥革命走向低潮,而反袁的二次革命只是強弩之末。孫中山再次流亡日本,與戰友重新策劃革命。嚴峻的史實表明共和之路是十分曲折的。
南北議和開始於1911年12月上旬。由於當時南方各省的革命政府普遍傾向於妥協,所以他們在獲取南京重鎮後,決定與清政府議和。清政府任命袁世凱為議和全權代表,袁世凱則派唐紹儀為他的全權代表;南方11省革命政府推舉伍廷芳為議和總代表。
正當南北雙方代表爭執不下的時候,孫中山在南京組織了臨時政府,表示革命目的不達,無和議之可言。袁世凱一方面革除唐紹儀的代表職務並中止和談,一方面對南方施加軍事壓力;再加上臨時政府內一些同盟會會員和立憲派紛紛活動,孫中山終於被迫承認了議和的條件。為了早日推翻清廷和結束封建帝制,孫中山「迫而犧牲革命主張」,表示若清帝退位,袁世凱贊成共和,則推薦袁世凱為臨時大總統。
1912年2月12日,清政府頒布清帝退位詔書,清王朝不復存在;但與此同時,心存復辟意圖的袁世凱卻竊據了民國的最高權力。
南京臨時政府建立後困難重重,革命派內部的妥協傾向日益嚴重,立憲派又與袁世凱互相勾結,使得孫中山無能為力。他在當選臨時大總統後,即按各省代表會議的決議致電袁世凱,表示「虛位以待」。稍後更接受南北議和的條件,準備推薦袁世凱為臨時大總統。
1912年2月12日,清帝宣布退位,孫中山亦於當日向臨時參議院提出辭職。三日後,臨時參議院選舉袁世凱為臨時大總統。袁世凱旋即指使曹錕在北京發動兵變,以需要維持北方秩序為理由,拒絕南下就職,並於3月10日在北京就任臨時大總統職。孫中山在4月1日於南京解職,由他主持的臨時政府隨之結束,臨時參議院遷往北京。辛亥革命的成果開始為袁世凱攫奪。