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經過明治維新後的日本迅速走上軍國主義的道路,表現出對外關係上的極大侵略性。它首先把目光投向鄰近的中國,對臺灣懷有覬覦之心。
1871年12月,有琉球貢船兩艘遇風漂至臺灣,其中54人被高士佛、牡丹兩社居民殺害,另12人逃脫得救,被中國政府由福州轉送回國。那時日本政府為了緩和日益尖銳的國內矛盾和由“徵韓論”所引起的政治危機,正在醞釀對外發動戰爭,決計抓住這一事件作為出兵的借口。1874年4月4日,日本正式設立侵臺機構─臺灣都督府,並組成徵臺軍。5月10日,日陸軍中將西鄉從道率3600多人在臺灣瑯嶠登陸,其攻擊目標主要是牡丹、高士佛兩社。5月18日,日軍開始與當地居民交鋒,22日攻佔石門,牡丹社酋長阿祿父子等陣亡。6月初,日軍1300余人分三路進攻並佔領牡丹社,13日進佔龜仔角社,7月中,日軍已完成對各社的徵討、誘降,並以龜山為基地建立都督府,修築醫院、營房、道路,並向後山南北各處番社分發日本國旗,準備久踞。
清政府起初對日本的一係列侵臺活動毫無所知,直到4月19日通過英使威妥瑪才始知此事。5月11日,清照會日方詰責,並于14日下令派福建船政大臣沈葆楨為欽差大臣,率領輪船兵弁馳往臺灣,並授予他處理日本侵臺事件的軍事外交大權。6月中,沈葆楨到臺後,一面向日本軍事當局交涉撤軍,一面積極著手布置全島防務。他在府城與澎湖增建炮臺,安放西洋巨炮;在安平廈門間裝置海底電線;增調淮軍精銳武毅銘字軍13營6500人入臺,部置于鳳山;陸上防務北路由臺灣鎮總兵負責,南路由臺灣兵備道負責,海上防務,以揚武、飛雲、安瀾、清遠、鎮威、伏波六艦常駐澎湖,福星一號駐臺北,萬年一號駐廈門,濟安一號駐福州;同時大力開通部落地區的道路,並派員招撫各處“番社”。清政府也相繼運來洋炮20尊,洋火藥4萬磅,火藥3萬磅,士氣民心為之大振。這些措施漸次推展開來,形成相當的聲勢,使日軍不能不有所顧忌。這時候,臺南南部惡性瘧疾流行,侵臺日軍因氣候炎熱,水土不服,疾疫流行,每日死者四五名至數十名,土氣極其低落。在進退維谷、內外交困的形勢下,日本不得不尋求外交解決的途徑。日方全權代表大久保利通偕顧問李仙得于是年9月到達北京,在前後七次談判中,日方仍堅執日本進兵的是“無主野蠻”之地,對此清政府予以嚴厲駁斥。大久保利通認識到,只有在清政府所堅持的“番地屬中國版圖”的前提下,才能和平解決日本侵臺問題。當時清政府的內政外交也存在很多困難,于是在英、美、法三國出面調停下,清政府決計讓步,于10月30日簽訂了《中日臺灣事件專約》(《北京專約》)三條,除以“撫恤”及付給修道建屋費用為名償銀50萬兩外,約中有“茲以臺灣生番曾將日本國屬民等妄為加害”之語,日本出兵乃為“保民義舉”,實際上等于承認琉球為日本的屬國。日軍隨後于12月1日撤出臺灣。