《馬關條約》於1895年簽訂,當時在位皇帝為光緒。
《馬關條約》簽訂後,台灣展開一連串的抗日行動,最後被日本徹底征服及佔領,並實行有效管治,對台灣留下明顯的日式文化影響至今。
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1895年3月23日,日軍進攻澎湖。《馬關條約》簽訂後,台灣紳民強烈反對清廷割讓台灣給日本,在5月25日成立「台灣民主國」,擁戴清朝,抗日保台。5月29日,日軍在基隆以東登陸。6月2日,李經方代表清政府與日本台灣總督樺山資紀大將辦理交割台灣手續。6月3日,基隆在激戰後失陷。6月7日,台北淪陷。台灣軍民鬥志不懈,頑強抗日。在四個多月的激戰中,50,000侵台的日軍有4,600人戰死或病死。10月21日,台南淪陷,抗日鬥爭轉入低潮。
為了抗日保台,1895年5月23日,丘逢甲等台灣士紳以全台居民名義,發布《台灣民主國獨立宣言》。5月25日,「台灣民主國」成立,定年號為「永清」,取「永遠擁戴清朝」之意。製「藍底黃虎」國旗,推代理台灣巡撫唐景崧為總統,定台北為首都。同日,唐景崧致電清政府總理衙門,表明民主國「遵奉正朔,遙作屏藩」,實際仍屬中國。6月4日,日軍迫近台北,唐景崧離開撫署,兩天後內渡廈門。
1895年5月29日,日軍在台灣基隆以東50里的澳底登陸,進犯基隆。6月1日,在瑞芳受清軍伏擊,死傷19人。6月3日,日軍攻進基隆,清軍展開巷戰。日軍傷亡31人。基隆陷敵後,兩名清軍點燃火藥庫,炸死日方軍官一名、士兵20名,傷百餘人。6月7日,日軍由基隆進佔台北。同月17日,在台北宣布「總督府」成立,開始對台灣實行「殖民」統治。
1895年6月12日,日軍近衛師團派一個中隊南下台灣新竹偵察。至中壢以南,被吳湯興的義軍圍攻,6月16日逃回。日軍再遣一個支隊南下,同月22日攻陷新竹縣城。日軍在新竹一帶不斷遭義軍襲擊,糧道受阻,不得已推遲「南征」。6月28日、7月1日,日軍兩次進攻安平鎮的胡嘉猷統領義軍據點,均遭失敗,傷亡四十餘人。7月13日,一支35人的日軍護糧隊,在三角涌被蘇力的義軍殲滅,僅三人逃脫。7月15日,前來偵察的日騎兵22人再次在此被殲,亦僅三人逃脫。6月25日、7月10日、7月25日,義軍三次反攻新竹城,未克。
1895年7月,幫辦台灣防務劉永福派吳彭年從台南率「黑旗軍」北上,與各路義軍聯合赴敵。7月29日,日軍近衛師團南進,一路燒殺。8月14日,苗栗失陷。8月28日,日軍進攻台灣府城彰化,吳湯興、吳彭年力戰犧牲。敵入彰化,逢人即殺。日軍於8月29日佔雲林縣,30日,前鋒抵大莆林。台民楊泗洪奉劉永福命北上禦敵,9月3日包圍大莆林的日軍,同時派兵包圍並殲滅駐他里霧的日軍通信騎兵隊,僅三人逃脫。9月4日,一支11人的日軍運輸隊又在他里霧附近被殲,僅二人逃脫。9月6日,大莆林日軍突圍北撤,楊泗洪追擊時中彈犧牲。雲林縣收復。
1895年10月初,日軍集中四萬兵力,分路南侵。一路於10月9日陷嘉義。10月10日,另一路在台南布袋嘴登陸。10月12日,從布袋嘴出發的日軍一個中隊在東石村被圍,傷亡19人。10月11日,第三路日軍登陸枋寮港,在攻佔加冬腳時,遭「黑旗軍」伏擊,死傷52人;10月14日,在橋溝溪遇清軍伏擊,傷亡94人。10月15日,日軍佔打狗港(今高雄)炮台,16日佔領鳳山縣城。同月19日,進攻王爺頭。義軍堅決抵抗,至死不退,300餘人犧牲,日軍死傷22人。同日,日軍突破台南府城的最後防線曾文溪,劉永福內渡廈門。10月21日,台南淪陷。