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史家黃仁宇在他的著作《萬曆十五年》,就解釋過明代中葉為何日本倭寇可以橫行中國沿海。
黃仁宇指,當時中國雖是一個領土廣大的統一帝國,而日本卻是長期分裂內戰,但當時軍事單位為『衛所制』,將人民分為民戶及軍戶,列入軍戶者世世代代都要為軍人,很多不願世代為軍的軍戶,或成為逃兵,或利用賄賂地方官等方法更改戶籍,以至軍戶數目至明代中期已經減少了很多,再加上明代邊患早期多在北方,東南沿海久經盛平,以至軍戶流失也沒有受到關注,黃仁宇研究所得,明代中葉中國各地衛所的兵將竟只有原來編制的百份之二至三,以至倭寇來襲,東南沿海各省竟無兵可用,成為不設防地區。
另外,軍隊的物資補給在明代中葉也開始每下愈況,本來明代開國時曾制定供應各地方衛所軍隊物資的數目及方式,如某衛所由某幾個省縣供應軍用物資,但由於制度沒有整理,很多情況下已與實際情況下出現脫節,以至很多軍隊根本得不到應有補給,以至戰事一起,就亂作一團。再加上明代的武器技師大多集中在京城為京中禁軍製造武器,地方的武器質素卻欠精良,以至一作戰就出事。
最後明代朝廷好重文輕武,對武將的要求只需孔武有力,對武將的戰術培訓及個人素養不重視,甚至怕武將作反,經常派文官至軍中制衡武將,甚至以文官領軍,實在令戰鬥力更加不濟。
相反,倭寇並非一班普通海盜,他們雖稱為『倭』寇,但不少頭目其實是中國人,他們可說是古代跨境走我犯罪集團的頭目,他們是中國人,熟悉中國沿海形勢,甚有不少與地方官通好,再加上他們有一定數目的船隊,在海上走私貿易上甚至擔當訟裁角色。
而不少日本海盜成為這些走私集團的拉攏或招攬對象,成為他們的部屬。當時日本長期內戰,不少戰敗的武士入海為寇,由於他們作戰經驗豐富,武器精良,戰鬥力在久施盛平而軍事廢弛的中國正規軍之上。再加上日本下層社會組織嚴密,紀律性強,一小股的倭寇在彼此合作緊密的情況下,經中國人頭目的引領,經常有效地作出突襲及游擊戰術,令中國軍隊疲於奔命。
黃仁宇綜合說,中國軍隊對付倭寇,美其名叫官兵剿海賊,實際上是一場由外行的中國士兵對抗日本的職業軍人,焉有不敗之理。
至於中日朝鮮之戰,卻是中日正規軍的正面交鋒。
論實力,當時明代中國調入朝鮮的是全國精銳:遼東精騎1萬;宣府、大同各選精騎8千;薊鎮、保定各選精銳步兵5千;江浙步兵3千。川軍5千,做為後續部隊向朝鮮進發。後來總兵官李如松從平定寧夏叛亂勝利後,尚不及休息即率軍43,000餘人越過鴨綠江進入朝鮮。戰鬥力非倭寇來襲時東南沿海的外行軍人可比。
再加上當時日軍戰鬥力及武器裝備不及明軍,日軍雖已配有鳥銃(早年火槍),但卻沒有明軍的火炮。而倭寇在中國沿海橫行,是以一小股人游擊偷襲為主,當兩國正規軍全面交鋒,這些偷襲游擊已不能成為至勝的主要因素,故日本未能打敗明軍。