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金門國家公園面積3,780公頃，約占大、小金門總面積的四分之一，為台灣所有國家公園中面積最小的一座。
相較於其他國家公園，金門國家公園卻不以自然取勝，野生動物也不是主要資源，反倒是人文史蹟比較可觀。由於開發早、歷史文化源遠流長，歷史古蹟與傳統建築構築了金門深厚的文化內涵。除傳統的閩南建築外，也有「洋樓建築」，均具有極高的藝術性，也道出了先民遷徙此地的歷史歲月。
因地理位置特殊，金門成為保障臺澎安全的第一道防線；多次的慘烈戰役留下不可磨滅的歷史遺跡，如古寧頭戰場、北山古洋樓、地下坑道、反空降樁、反登陸樁、馬山觀測站及播音站等，使金門充滿了戰地風情，別有風味。
動物資源中，鳥類豐富，是金門國家公園內的另一個寶藏，目前已發現的鳥類高達280餘種，密度為全國之冠，每年秋季至翌年春末，可見大批候鳥聚集在湖邊棲息覓食，吸引愛鳥者前來觀賞。
東沙環礁國家公園目前為了生態保育，並不對一般民眾開放觀光。
東沙環礁國家公園境內包括東沙島和東沙環礁，是我國海域中唯一的環礁地景，屬世界級的珍貴自然資產。 東沙環礁的珊瑚群聚屬於典型的熱帶海域珊瑚種類，以桌形和分枝的軸孔珊瑚等為主要造礁生物，目前記錄的珊瑚種類達280餘種。多樣的軟體與甲殼動物、及各式大型的底棲藻類，造就了名副其實的「海中熱帶雨林」。 東沙島更處處可見熱帶和海濱動、植物，及許多以此為中繼點的遷移性鳥類，豐富的自然資源，更讓東沙島成為島嶼生態研究絕佳的場所。
東沙海域自古以來即為漁船作業漁場，也是商船重要的貿易航道，因此東沙遺留下許多人文歷史和許多古代和近代的沉船遺蹟，這些豐富的海洋文史資源，未來將結合國內考古學者和世界先進國家的考古技術共同進行調查研究，慢慢地揭開東沙這塊神秘的歷史面紗。
