有關日本自由行 <-有經驗者請進

我打算去日本玩1~3個月，90日內回港，但未知到時ge確實回港日期，想睇下到時ge情況再定，機票方面可以點做？可以預訂機票嗎？
我打算由日本最北ge北海道玩到日本最南ge沖繩，又或者調翻轉黎玩...所以我想問如果預訂機票ge話可以去程、回程分別係唔同ge機場嗎？
同埋，係日本國內有邊種交通工具會平d，而且係通行日本全國ga？即係可以由北海道、東北、東京、大阪、四國、九洲、沖繩周圍去咁樣...
另外，因為我想因應當日情況再決定當日去邊度玩，所以停留時間、地點都唔make sure，想問住宿方便我可以點做？基本上就只有頭一/兩日可以肯定自己係邊，所以只有頭一/兩日可以book到房吧！
如果可以ge話...唔該講埋我有d乜係需要注意ga la~thxxxxx...!!!
p.s.請用中文回答，我d英文唔係太okay~ ^^"