達爾文及其他著名進化論者知悉有關「寒武紀生命大爆炸」這現象嗎？他們作出了甚麽回應和解釋？ 當達爾文起初推出他的進化論時，實際上早已得悉這個「寒武紀大爆炸」現象，並且毫不諱言地承認，這是他的理論所需要面對的另一個主要難題，他在《物種的起源》1859年版本309/310頁，就此疑團寫道：「對於我們為何在較「寒武紀」更早的年代找不到豐富的化石遺跡，我沒有圓溺的答案……目前這一間接仍是無法解釋的，因此，實在足可被人持之以反駁我所提出的論點。」縱是這樣，他和他的支持者卻堅信，這個困難只是假象而已，他們故此提出種種假想以試圖解釋一一也許因著暫時已出土化石的數量相對仍少，以致記錄不夠完整；也許寒武紀大爆炸前的地質記錄已毀；又或許因為自寒武紀時期開始，才是保存化石的最好時期（意即較早時期的軟體組織，沒法存留成為化石）等等。種種強辯理由，卻已因著陸續而來、更多出土的化石及相關發現，愈來愈不能今人滿意。在古生物地質學家群體內，上述的敏感課題，似是盡量避免在公眾場合被談及的。在必須觸及時，他們曾作以下的一些評語： 「在寒武紀初期就有了各樣全物，包括複雜如三葉蟲的節肢動物，真是令人驚訝，……如果記錄上只出現大量的簡單生物，倒不令人奇怪。問題是，為何複雜的生物會出現在六億年前的岩石中，卻不見於更前面的二十億年岩石呢？若說生命是進化出來的，卻找不到在寒武紀前應該有的這些化石，實在令人想不通。」（Marshall Kay et al, "Stratigraphy and Life History", 1965） 地質學與進化論主要未解決的問題之一，就是在早期寒武紀岩層中有各種多細胞的海生無脊椎動物，但在更古老的岩層中卻見不到。這些化石包括，海棉、腔腸動物、鰓足動物、軟體動物、海膽類初節肢動物。它們高度複雜的持構，清楚顯示在它們出現以先、曾有很長的進化史。可是，當我們檢查寒武紀底層的前寒武紀岩層時，卻連一種化石也找不到(Daniel I. Axelrod, "Early Cambrian Marine Fauna", 1958) 「如果動物的起源堤進化而非特殊創造，缺少前寒武紀岩層中任何一門化百，就成了達爾文學說基本止的漏洞。」（T. Neville George, "Fossils in Evolutionary Perspective", 1960） 就這話題，素常慣以詭辯來捍衛達爾文及漸進主義的著名牛津大學教授道金斯(Richard Dawkins) 亦只能無奈地說:「這批化百，仿似有人故意放進石層中一般！」在達爾文主義信眾中間，唯有前述的哈佛大學進化論大師顧特，願意正面承認確有這個現象，但他也亦是不置可否地以「謎生之謎Enigma of all Enigmas！」來作一個不是解釋的解釋。 進化信仰知多少, 2009, 楊信成, 第五章－－化石的啟示
寒武紀化石仍然是達爾文主義者的難題。 http://www.evolutionnews.org/2009/08/cambrian_fossils_still_a_dilem.html 因為仍有不少生物化石例如Anomalocaris, Opabinia, Wiwaxia, and Hallucigenia，它們出現在寒武紀化石紀錄當中，但並沒有發現它們之前進化的痕跡。