廢機仔﹐ Michael Behe 的根本連理論也不是﹐只是個人見解。 一套用以解釋自然現象的解釋﹐首先以“假說”的地位發表﹐再隨之而有證據支持和經得起否證的考驗﹐有關解釋得到獨立的同行評審(peer review)﹐累積充份證據﹐才可以叫“理論"。 Michael Behe 所出的只是一本自資出版的書本﹐而不是學術論文﹐根本就從來沒有通過任何嚴謹的同行評審(peer review)確定他的方法沒有錯誤﹐也從來沒有累積任何證據證明﹑也從來沒有經歷否證的考驗。 他所任教的 Lehigh University 發表聲明﹐指 Behe 的理論純為自己的見解﹐而不是科學。 在 2005年美國 Dover Pennsylvania 有關學校宣讀智慧設計聲明的官司上﹐Behe 被問到按照他容納自己智慧設計所謂的科學的定義﹐星相學也是科學。 不錯﹐Michael Behe的「無可簡化的複雜性」，重點不在於你能否把一個系統弄得再簡單一點，而是所用的捕鼠器需要所有零件，同時配合，才能發揮作用。但反對者也清楚的展示﹐就算捕鼠器需要所有零件缺少部份﹐它仍然可以有作用 -- 大自然不是機械﹐而是動態的﹐缺乏了部份構造的器官﹐可以有其他用途﹐也可以因而在自然選擇有優勢出現。Michael Behe的「無可簡化的複雜性」假設了一個結構A﹐就有N個部件﹐N-1﹐N-2﹐N-3﹐N-R... (R<N)組合的就沒有一個有"任何用途"﹐但反對者 Dr. Kenneth Miller 就拆開捕鼠器﹐把放鼠餌﹑鎖上捕鼠器的機關拆掉﹐剩下就是一個夾子﹐可以做領帶夾子﹑也可以當文件夾子﹐一個不完整的東西仍然有很好的用途﹐這就是自然的大家看到﹐根本就不是「無可簡化的複雜性」。 Behe 用細菌的鞭毛作為例子﹐也非常不誠實。他引用David DeRosier 的文章﹐說 Dr. DeRosier 說More so than other motors, the flagellum resembles a machine designed by a human. Dr. DeRosier 其實說像被設計(resemble design)﹐而不是說它是被設計。Dr. DeRosier使用電子顯微鏡顯示了一個更加簡單的機構﹐細菌的鞭毛有數十個蛋白質組成一個機器令鞭毛轉動而令細菌可以活動﹐那個結構少了部份蛋白質確實無法轉動﹐但大自然有一個完全和辯毛相似的結構﹐就是造成鼠疫的毒菌﹐鞭毛變成長長的刺﹐底部的通道﹑底盤﹐和鞭毛一樣 -- 因為它是用了構成鞭毛蛋白質的一部份蛋白質構成的﹐這例子正面地推翻了 Behe用以證明「無可簡化的複雜性」的說法﹐絕對不是大自然所見的。
廢機仔的「無可簡化的複雜性」反駮說Kenneth Miller根本是本末倒置，他只是從完整的捕鼠器開始，逐一拆散，隨意用作其他用途係和進化無關 -- 進化就是生物靈活的把身體部份適應環境產生其他用途﹐例如哺乳類動物為祖先的鯨魚﹐前肢本來用作行走﹐變成了游泳用的 flipper﹐就是明顯的一個例子。「無可簡化的複雜性」的一個主要論點是﹐完整的捕鼠器必須完整﹐不完整的是絕對沒有任何用途﹐Dr. Miller 顯示一個不完整的捕鼠器有其他用途係﹐正好推翻了「無可簡化的複雜性」
廢機仔說﹕重點是進化論如何從已有的材料，連續地、漸進地、有方地組合起來成為更精密、更複雜的系統? 廢機仔把生物當機器﹐於是才會有所謂“使用材料....組合"的概念。生物是根據環境需要發展不同的系統﹐而發展的過程是通過變異﹑自然選擇而來﹐不是好似機器一樣組合。這種組合機器的想法本身就是對生物學無知的表現
其實﹐進化論有一個重要的原則﹐始祖生物體或者構件的功能是可以隨進化需要改變的。 例如細菌鞭毛有超過50個蛋白質﹐根據無可簡化的複雜性﹐你就算沒有了50多個其中一個整個東西都毫無用處。但原來自然界有一個 Type 10 secretion system 細菌構造就是原本細菌鞭毛少了40個蛋白質的結構。它不可以產生動力﹐卻有功用 - 細菌用以注射毒入它攻擊的細胞﹗ 細菌鞭毛進化的過程其實分子生物學已經知道了﹕ http://www.youtube.com/watch?v=SdwTwNPyR9w&feature=related
