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李時珍出身於一個世醫家庭:祖父是「鈴醫」;父親李言聞,號月池,也是當地名醫。由於家庭的熏陶,李時珍從小就喜愛醫藥。由於當時從醫者的社會地位不高,所以身為醫生的父親李言聞只希望他讀書應考以光宗耀祖,並不鼓勵他習醫。李時珍在14歲的時候不負父望順利的成為秀才,但是之後3次參加鄉試欲成舉人,都難以遂願,兼之他對醫學的濃厚興趣一直有增無減,於是決定棄儒從醫專心研究醫藥。
李時珍在30歲時成為當地名醫,楚王聽說後聘他為奉祠,掌管良醫所事務。1556年,經舉薦補太醫院之闕,李時珍在京師金陵供職了一年。辭職回家後,他在雨湖北岸構築新居,題名「紅花園」,並在此行醫。
在他行醫救人期間,他發現古代的本草書籍,「品數既煩,名稱多雜。或一物析為二三,或二物混為一品」(《明外史本傳》)。特別是許多毒性藥品,竟被認為可以「久服延年」,而遺禍無窮。李時珍多次上書朝廷要求重整醫書的資料,可惜並無回應,於是他便利用在良醫所和太醫院閱讀的大量醫籍和堅實的文史基礎,親自對中國歷代有關藥物學的著作進行了整理。
在編寫《本草綱目》的過程中,最使李時珍頭痛的就是由於藥名混雜,往往弄不清藥物的形狀生長的情況。過去的本草書,雖然作了反覆的解釋,但是由於有些作者沒有深入實際進行調查研究,而是在書本上抄來抄去在「紙上猜度」,所以越解釋越糊塗,而且矛盾倍出,使人莫衷一是。於是李時珍在徒弟龐憲、兒子建元的伴隨下,遠涉深山曠野,觀察和收集藥物標本。除了不辭勞苦到各地採藥及以自身試藥,他還遍訪名醫宿儒,併到處訪問漁夫、農夫等平民以搜集民間驗方。他首先在家鄉蘄州一帶採訪。後來,他多次出外採訪。除湖廣外,還到過江西、江蘇、安徽好多地方。均州的太和山也到過。盛產藥材的江西廬山和南京的攝山、茅山、牛首山,估計也有他的足跡。後人為此寫了「遠窮僻壤之產,險探麓之華」的詩句,反映他遠途跋涉,四方採訪的生活。經過30年後,終於著成了《本草綱目》,後來又花了12年修訂三次。
明萬曆二十一年(1593年),李時珍逝世,葬於湖北省蘄春縣蘄州鎮東南2公里的雨湖之濱。(參看李時珍墓)1596年,也就是李時珍逝世後的第三年,《本草綱目》在南京正式刊行。此外他還著有《奇經八脈考》、《瀕湖脈學》、《瀕湖集簡方》、《三焦客難》、《命門考》、《五臟圖論》、《瀕湖醫案》等,除前兩種外皆失傳。