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當時,劉表之子劉琦因其後母影響,劉表對劉琦漸漸不悅。劉琦十分器重諸葛亮,數次向諸葛亮請教自安之術,但諸葛亮每每推辭,劉琦便在一次飲宴時用上屋抽梯的辦法迫使諸葛亮授以對策,諸葛亮便反問劉琦:「君不見申生在內而危,重耳在外而安乎?[7]」劉琦明白他的意思,正好黃祖被孫軍殺害,劉琦便自薦為江夏太守,出走江夏。
208年八月,劉表病逝,其二子劉琮繼位,聽到曹操南下的消息,遣使投降。劉備在樊城知道後,率軍隊和百姓南逃,曹軍在當陽長坂追上劉軍,徐庶之母被捉,徐庶只好向曹操投降。劉備到達夏口,而孫權之前又派魯肅到來觀察情況,並向劉備建議遣使向孫權求救。到達柴桑後,諸葛亮面見孫權,先用二分法給孫權兩個選擇:「若能以吳、越之眾與中國抗衡,不如早與之絕[8]」,另一個選擇則是激將法:「若不能當,何不案兵束甲,北面而事之?[9]」孫權反問諸葛亮為何劉備不投降,諸葛亮便抬高劉備身價,說劉備有氣節,絕不投降,以向孫權顯示劉備的決心。孫權大怒,誓言不會向曹操投降,但卻也擔心劉備還有多少兵力戰鬥。諸葛亮最後才分析兩軍的情況,先說出自軍散兵歸還和關羽水軍有萬人,加上劉琦凡江夏士兵亦不下萬人;再說出曹軍遠來疲弊,追劉備時,又用輕騎一日一夜行了三百多里,正是「彊弩之末,勢不能穿魯縞」;而且北方人不習水戰,荊州百姓又是被逼服從曹操,不是心服;最後肯定的說曹操必定可打敗。孫權十分高興,後又受到魯肅、周瑜的遊說,決定聯劉抗曹。派周瑜、程普、魯肅等率三萬水軍,與曹操開戰。諸葛亮便隨軍回到劉備處。十一月,曹操在赤壁之戰大敗,回師北還。
赤壁之戰後,劉備於十二月平定荊南四郡,任命諸葛亮為軍師中郎將,駐於臨烝,督令零陵、桂陽、長沙三郡,負責調整賦稅,充實軍資。211年,益州牧劉璋派法正請劉備助攻張魯。諸葛亮便與關羽、張飛等鎮守荊州。至下年十二月,劉備與劉璋決裂,還攻成都。諸葛亮便與張飛、趙雲等入蜀助陣,留關羽負責荊州防務,分兵平定各郡縣,與劉備一起圍成都。至214年,劉璋投降,劉備入主益州。
諸葛亮受金五百斤,銀千斤,錢五千萬,錦千匹,並受任為軍師將軍,署左將軍府事。每每劉備出兵征伐,諸葛亮便負責鎮守成都,為劉備足食足兵,如漢中之戰就替在連連戰敗的劉備提供資援。220年,曹丕篡漢自立。221年,群臣聽到漢獻帝被害的消息,勸已成為漢中王的劉備登基為帝,劉備不答應,諸葛亮用耿純遊說劉秀登基的故事勸劉備,於是劉備才答應,任諸葛亮為丞相錄尚書事,假節。同年張飛被部下暗殺,再領司隸校尉。
222年八月,劉備在東征奪回荊州的途中被打敗,撤退至永安(詳見夷陵之戰‎),諸葛亮大嘆可惜法正逝去,否則劉備不會有此大敗。223年二月,劉備病重,召諸葛亮到永安,與李嚴一起託付後事,劉備對諸葛亮說:「君才十倍曹丕,必能安國,終定大事。若嗣子可輔,輔之;如其不才,君可自取。[10]」諸葛亮涕泣說:「臣敢竭股肱之力,效忠貞之節,繼之以死![11])」劉備又要劉禪和其他兒子事諸葛亮為父。
延至四月,劉備逝世,劉禪繼位,封諸葛亮為武鄉侯[12],開設相府辦公。不久,再領益州牧,政事上的大小事務,劉禪都依賴於諸葛亮,由諸葛亮決定。本來南中地區因劉備大敗而乘機叛亂,諸葛亮因國家剛逝去君主,先不發兵,而派鄧芝及陳震赴東吳修好。
225年春天,諸葛亮率軍南征,臨行前劉禪賜諸葛亮金鈇鉞一具,曲蓋一個,前後羽葆鼓吹各一部,虎賁60人。後諸葛亮深入不毛之地[13]討伐雍闓、孟獲,諸葛亮採取參軍馬謖的建議,以攻心為主,先打敗雍闓軍,再打敗孟獲,至秋天平定所有亂事。蜀漢以南中的豐富資源為國家提供軍用,蜀國變得富饒,便開始訓練士兵,準備北伐。
227年三月,諸葛亮向劉禪上《出師表》,表明心跡,發兵沔陽,準備北伐。228年春天,諸葛亮率領大軍出漢中,開始第一次北伐。期間和魏軍互有勝敗,但多數因運糧不繼而無功而返。到234年諸葛亮在第五次北伐中,與魏將司馬懿戰於五丈原時病重,臨終前推薦蔣琬、費禕作為後繼。八月逝世,享年54歲,歸葬定軍山勉縣的武侯墓。