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雖有稱日本人源於春秋時由吳國渡海遷入,或秦朝時徐福所率領的數千童男童女之說,但只是傳說,近代考古說明日本原居民早在石器時代已由亞洲大陸遷入。
不過在公元五世紀卻有大量中國及朝鮮半島的移民遷入日本,日本人稱這批移民為『歸化人』。原來公元前二世紀中國漢武帝派兵滅掉衛氏朝鮮,中國將朝鮮半島西北部納入版圖,並建立樂浪郡得四個郡。中國統治朝鮮半島西北部達四百多年之久,期間有大量中國人遷入。
至西晉末年(公元四世紀初),高麗乘中國內亂攻陷樂浪郡,後來樂浪郡故地輾轉落入當時統治朝鮮半島西南部的百濟手中,樂浪郡的很多中國遺民成為百濟的俘虜,由於百濟與日本關係密切,不少在百濟的中國人輾轉移入日本;另外,日本曾在四至五世紀在侵佔朝鮮半島南部少部份地方,建立任那府,但後來朝鮮半島東南部的新羅國吞併任那府,日本撤離朝鮮半島,部份被任那府統治的朝鮮人也跟隨往日本。這兩外來人將亞洲大陸較為先進的文化帶入日本,後來這些移民也與日本人同化,故現代日本人其實有中國人及朝鮮人的血統。