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1998年前，香港唯一的民航機場是位於九龍的九龍城區的啟德機場，舊機場位於市區中心，接近民居，多年以來對九龍城區的居民造成很大不便。機場於1990年代已經遠超飽和量，政府估計若不興建新機場，香港蒙受的直接經濟損失將達到4200億港元[9]。但由於新機場的造價高昂，雖然港英政府就新機場選址及規劃完成研究，但計劃一直沒有落實。1989年，香港因為北京發生六四事件而引起信心危機。當時的港督衛奕信隨即於同年10月11日在立法局宣讀的施政報告中，宣佈興建新機場及相關配套設施，即後來的香港機場核心計劃，被外界稱為「玫瑰園計劃」。
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啟德舊機場與赤鱲角新機場位置圖
由於新機場造價昂貴，而且工程所需的借貸無可避免會跨越1997年，即香港主權移交的年份。中方曾經多次批評新機場工程將會對香港特區政府造成財政負擔，中英兩國其後透過中英聯合聯絡小組，就新機場的財務安排進行談判。1991年9月3日，英國首相馬卓安與中國總理李鵬在北京人民大會堂簽署《關於香港新機場建設及有關問題的諒解備忘錄》，備忘錄主要申明：港英政府在其管理期間負責建設並在最大程度上完成機場核心計劃，留給未來特區政府的儲備不少於250億港元；中國政府支持新機場建設，對需在1997年6月30日以後償還的港英政府的舉債採取積極的態度，並同意中國銀行發揮適當的作用；中英兩國成立一個由中英聯合聯絡小組領導的機場委員會，而港英政府則成立香港機場管理局和諮詢委員會。實際上，港英政府在談判時期就已經成立臨時機場管理局（1990年4月），並逐步批出新機場的工程合約。
新機場的工程於1992年正式動工，新機場位於大嶼山以北的人工島上，面積為12.5平方公里。人工島包括原赤鱲角島、欖洲以及填海所得的土地。初期計劃原定於1997年年中完成，港督彭定康更曾表示希望在政權交接後能夠從新機場離開香港。不過新機場還是歷經6年才建成，1998年7月2日由國家主席江澤民主持開幕儀式，7月6日正式運作。連同其他相連基建設施，造價約為90億美元，佔香港機場核心計劃成本的百分之四十。[10]
由於機場的選址是赤鱲角，為了搶救島上珍貴歷史文物，英皇御准香港賽馬會撥款資助香港考古學會在島上進行考古調查和搶救發掘工作。考古搶救行動於1990年展開，歷時16個月。首要任務就是在該島進行全面的調查，紀錄舊墳墓和舊建築物，並且找出原來的耕作模式。考古人員在深灣村、虎地灣、蝦螺灣等多個考古遺址出土很多新石器時代中期至青銅器時代的陶器。在赤鱲角亞媽灣的一座甚有特色的天后廟，大約於1833年建成，於1990年間被拆卸，全部建築材料皆被運往東涌黃龍洞擇地重建。[11]另外，島上香港獨有蛙類品種盧文氏樹蛙，也在興建機場前被送往南丫島棲息。
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俯瞰香港國際機場人工島
新機場於1998年7月6日啟用時，啟德機場同時關閉。不少設備、器材等在當晚午夜後才從啟德機場通宵地搬遷往新機場，停泊在啟德機場的飛機也要飛到新機場。早上6時30分，機場完成遷移，赤鱲角新機場正式開始運作。首班抵達香港國際機場的航班，是由美國紐約甘迺迪國際機場起飛，不停站飛越北極上空直達香港的國泰航班CX889，該航班稱為「極道一號Polar One」，於1998年7月6日清晨順利降落在機場南跑道。時至今日，不少市民仍以「新機場」和「舊機場」分別稱呼兩個機場。
機場啟用初期曾一度出現混亂，客運大樓的電腦出現故障，而致航班資料無法顯示，行李輸送系統出現錯誤，客運大樓亦多次發生供電及供水停頓等情況；機場快綫出現班次延誤及未能成功靠站；貨運服務更一度接近中斷，超級一號貨站的交收系統停頓，大量貨物積壓在貨站，政府及後需要重開原啟德機場的空運貨運站，有商人更將貨物調道到鄰近機場交收。新機場的混亂其後逐步獲得解決，並逐漸被市民及旅客所接受。香港特區政府委任胡國興法官及鄭維健博士，成立獨立的新機場調查委員會，徹查新機場混亂事件[12]，而立法會[13]及申訴專員公署[14]先後就新機場啟用的混亂進行調查及發表報告。
香港國際機場在2007年4月5日清明節及復活節長假期首天創下單日航班升降數目新紀錄[15]，共有891架次航機升降，與每日平均780航機架次比較，上升了14.2%，並刷新了在2007年2月16日所錄得的872單日航班升降架次最高紀錄。
在2008年6月7日機場對外的唯一連接道路北大嶼山公路，由於暴風雨引致山泥傾瀉和嚴重水浸而中斷達十小時，期間旅客只能乘坐機場鐵路進出東涌及機場。
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