本片由墨西哥導演艾方索柯朗執導,哈利波特和他的兩位好友──榮恩與妙麗,在霍格華茲魔法與巫術學院,要邁入第三個學年了,這幾個青少年被迫面對內心最大的恐懼,要應付一個危險的逃犯,還有原本是要保護他的一群催狂魔。
十三歲的哈利波特,心不甘、情不願地和德思禮一家人,又一起住了一個暑假,過著“安分守己”的無聊生活,而且還不能使用任何魔法,直到最後,威農姨丈那個傲慢又霸道的姊姊瑪姬姑姑來訪。瑪姬姑姑一直都對哈利很壞,這次還把他逼到了極限,結果他“不小心”讓她充氣成一個巨大的氣球,就這樣飛走了。哈利害怕會受到姨媽和姨丈的懲罰,也擔心霍格華茲魔法與巫術學院會聽到風聲,因為他們禁止學生在麻瓜世界裡施用魔咒,所以他可能會受到處分,於是他就趁著晚上逃跑了。
“騎士公車”馬上就來把他接走了,這是一輛紫色的三層公車,迅速地送他去破釜酒吧。哈利一到破釜酒吧,就看到魔法部部長康尼留斯夫子在等著他,可是夫子莫名奇妙地居然沒有處罰他,反而堅持要他留在破釜酒吧過夜,隔天再去霍格華茲。
原來夫子沒有開除哈利,是因為有一個危險又神秘的魔法師天狼星布萊克,逃出了阿茲卡班監獄,據說他在尋找哈利的下落;謠傳當初就是布萊克,引領佛地魔找上哈利的父母,最後害死了他們,甚至還想殺死哈利,因此他唯一安全的避難所,就是霍格華茲了。
然而更糟糕的是,霍格華茲還要接待可怕的阿茲卡班守衛催狂魔,他們要保護哈利和學校,遠離布萊克的威脅。他們會吸取獵物的靈魂,很不幸的是他們受到哈利所吸引,讓哈利覺得毛骨悚然,而且又茫然無助,直到新來的黑魔法防禦術老師路平教授,訓練哈利使用“疾疾,護法現身”的咒語,抵禦催狂魔讓對手全身麻痺的魔法。
此外,哈利在霍格華茲的第三年,還加入了幾個新角色:鷹頭馬身的魔法怪物巴克比,又被稱之為“鷹馬”;只要看到了“狗靈”,代表著陰森駭人的死神即將出現的預兆;還有驚險刺激的冒險,包括密訪魔法村莊“活米村”,揭開隱藏在劫盜地圖裡的秘密,還有尖叫屋的恐怖之旅,也就是全英國鬧鬼最嚴重的建築物。在途中,哈利想搞清楚,妙麗在榮恩和巨人海格的協助之下,是怎麼神奇地來無影、去無蹤;這一集故事中的海格,已經當上了霍格華茲的照顧魔法動物老師。
哈利和神秘逃犯天狼星布萊克,看來是免不了要正面交鋒了,不過路平教授和布萊克之間,到底有什麼關係?石內卜教授這麼迫不及待,是想要揭開什麼黑暗的秘密?榮恩的寵物老鼠斑斑,為什麼會發了瘋似地從他的手裡逃脫?哈利需要最大的勇氣、魔法和協助,才能解答這些疑問,揭曉天狼星布萊克背後隱藏的真相,還有他和這位天賦異稟的小魔法師,過去有什麼神秘的關聯性。