請問日本歷史上有否被外國侵略,甚至被吞併呢?

如樓主所說，日本在歷史上除蒙古人於十三世紀兩次入侵失敗外，二次大戰之前基本上沒有被外國大規模侵略過，更從未被外國吞併統治過，這情況可說是在世界歷史上可謂絕無僅有的例子，日本人也以他們從未被外族統治過而引以為傲。
日本唯一被外國佔領統治的時期，是日本在二次大戰戰敗後被美軍佔領了數年，直至1951年美英等國與日本簽署『舊金山和約』，日本才恢復成為一主權獨立的國家。
歷史上日本被外國侵略的例子也不是太多：
1.唐日白江口之役
公元六世紀，當時朝鮮半島由高麗、百濟及新羅三國鼎立，高麗與百濟聯盟對付新羅，新羅則與高麗長期敵對的大唐結盟，而日本則與百濟一向友好，簡單來說，當時朝鮮半島分成兩大陣營：大唐＋新羅　ＶＳ　高麗＋百濟＋日本
當時大唐與高麗在遼東交戰多年都無功而回，漸改變策略，公元660年，唐兵渡過黃海聯同新羅攻擊朝鮮半島西南部的百濟，以圖先取百濟再以南北夾擊朝鮮半島北部的高麗，百濟見唐兵入侵，請求日本派兵支援，日本當時派出全國二萬七千精兵支援百濟，但兵船在白江口（今韓國錦江出海口）與三千唐軍相遇，二萬七千日軍竟被三千唐軍擊潰至全軍覆沒，當時日本本土已無兵可守，若唐軍渡海東至日本極有可能被大唐攻佔，幸唐軍沒有直搗日本本土，但此戰役令日本認識到自己的落後，舉國學習中華文化。
2.蒙古人兩次入侵日本
如樓主所言，十三世紀元世紀忽必烈曾下令兩次入侵日本，第一次是公元1274年，當時蒙古人召集了本身軍隊附庸國高麗的軍隊共三萬多人渡海攻日，攻佔了對馬島及壹岐島，之後強攻日本九州被九州地方武士故守，最後蒙古軍無功而還。
至1281年，當時南宋已為蒙古所滅，蒙古軍加入不少前南宋水師再次攻日，當時蒙古方面攻日的軍隊達十四萬，是第一次攻日的數倍，而且分別由高麗及江南兩路渡海攻打日本九州，當蒙古軍以為勝券在握時，突然有颱風吹襲九州，攻日的數千蒙古戰船被吹至沉沒，而攻日將領范文虎又棄軍而逃，日本因此逃過一劫。
3.朝鮮世宗時代攻擊日本對馬島
日本在歷史上多次侵略朝鮮，但歷史上朝鮮只有一次出兵日本，就是在1419年出兵攻擊倭寇的巢穴－－日本對馬島。
原來日本倭寇在十四世紀中後期開始經常侵擾朝鮮及中國沿海，鄰近朝鮮的對馬島，更是倭寇的巢穴。本來朝鮮得當時統治日本的室町幕府及對馬島蕃主宗貞茂保證會全力鎮壓對馬島上的倭寇，但宗貞茂死後，倭寇勢力控制了對馬藩，更日漸猖獗，經常侵犯朝鮮沿海。朝鮮對此大感震怒，國王太宗後來派大將李從茂領朝鮮水師攻打對馬島，結果朝鮮軍隊剿滅倭寇數百人，及燒毀大量倭寇船隻。後來對馬藩主宗貞盛與朝鮮議和，朝鮮軍隊才撤走，而且朝鮮給予對馬藩在朝鮮三個特定地點通商的權利。
4.幕末的西方勢力入侵
日本幕末時代與清末的中國一樣，都受西方勢力入侵，但西方勢力要通過兩次鴉片戰爭才完全打開中國國門，但日本只受西方的軍事威嚇就終止自己的鎖國政策，與西方列強簽下不平等條約，再加上西方列強最初對日本興趣不大，西方其實沒有真正以武力入侵日本。唯一的一次，是由於日本本州西端的長州藩襲擊外國船隻，而被英美法俄四國聯合艦隊攻擊下關。
5. 太平洋戰爭
太平洋戰爭末期整個日本都被美國戰機轟炸，最後美國甚至在日本投下原子彈，是日本有史以來最嚴重的被外國攻擊事件。

曾被西方意圖侵略,不過後來西方侵略中國,所以逃過一x