1995年9月巴以雙方簽署了塔巴協定,以色列軍隊先後撤出約旦河西岸的7座主要城市,由巴方自治。1996年5月4日,巴以開始就關於巴勒斯坦最後階段談判進行了首輪會談。
1995年拉賓 (Rabin) 被暗殺,成功的機會被扼殺。他的繼任人內塔尼亞胡 (Binyamin Netanyahu) 在談判過程中遇上困難重重。在他執政期間,以色列定居點在西岸和加沙地帶得以擴展,恐怖分子活動增多。
埃胡德巴拉克 (Ehud Barak) 在1999年當選,他承諾從黎巴嫩南部的「安全區」撤軍,以色列軍隊和黎巴嫩真主黨 (Hezbollah) 遊擊隊成員一直在這裡互放大炮。隨著軍隊在2000年5月撤出,黎巴嫩真主黨迅速進入,在密集的火力下迫使以色列士兵混亂撤出。然而,在巴拉克掌舵時,以色列自1967年起最更接近能解決以巴爭端。在大衛營 (Camp David) ,意義深遠的提議被擱到談判桌上,目的是為了確保安全,停止恐怖活動。巴勒斯坦人拒絕這個建議,有關耶路撒冷的地位、巴勒斯坦難民的回歸權,和建立最終定居地的等問題陷於僵局。 錯失了大好良機,狀況開始迅速惡化。隨後沙龍到耶路撒冷的阿克薩/聖殿山 (al-Aqsa/Temple Mount) 作挑釁性的訪問,巴勒斯坦權力機構的員警和以色列士兵在西岸發生戰鬥。是次戰鬥造成傷亡眾多,結果於 2000年時有3百人喪生 。
在2001 年,強硬派的沙龍取代了巴拉克,象徵了政策上的改變。911事件使以色列人更加沉重,巴勒斯坦的激進分子被稱為是「第二次起義」。沙龍對於巴勒斯坦恐怖分子的追查,並未阻止巴勒斯坦人的自殺式炸彈襲擊。
2006年6月13日爆發的以黎衝突發生在以色列北部和黎巴嫩地區,主要是介於真主黨和以色列之間的衝突。衝突始於真主黨之前在一次跨越邊界的恐怖襲擊行動中殺害了八名以色列士兵並且俘虜其他兩名,以色列認為黎巴嫩政府必須對這次攻擊負起責任,因此從海上和空中對黎巴嫩展開轟炸,並且進軍黎巴嫩南部。真主黨繼續使用火箭攻擊以色列北部,並且以游擊隊的打帶跑戰術襲擊以色列軍隊。最後以色列在2006年8月14日達成一則停火令。這場衝突殺害了一千名黎巴嫩平民[20]、440名真主黨民兵、以及119名以色列士兵[21],也對黎巴嫩城市的基礎建設造成了龐大損害[22]。