1861年8月，咸丰帝病死热河，遗诏立载淳为皇太子，继承皇位。并任命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等八人为“赞襄政

1861年8月，咸丰帝病死热河，遗诏立载淳为皇太子，继承皇位。并任命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等八人为“赞襄政务王大臣”辅政。年号“祺祥”,尊生母那拉氏为“圣母皇太后”。同年11月，慈禧与恭亲王奕欣发动政变，将八名“赞襄政务王大臣”分别革职或处死。改元同治，慈禧实行垂帘听政，实际控制了国家大权。

1873年，载淳成年，慈禧宣布撤帘归政，但仍把持朝柄。次年，载淳病死，慈禧立宗室载湉继承皇位，年号“光绪”，复行垂帘听政。

1889年，载湉大婚成年，慈禧宣布“归政”，退居颐和园，但朝内一切用人行政，仍出其手，光绪帝实际居于傀儡地位。

1894年，日本发动甲午战争。是年，适逢慈禧六十寿辰，拟“在颐和园受贺，仿康熙、乾隆年间成例，自大内至园，路所经，设彩棚经坛，举行庆典”。挪海军经费，缮修颐和园，布置点景，广收贡献。故于“朝鲜事求速结”，支持李鸿章等对日采取妥协投降主张。

9月，中国陆海军先后败绩，慈禧求和之心更切，9月27日强使主战的军机大臣翁同龢到天津与李鸿章会商停战求和之事。10月18日更下令王公大臣及外省封疆大吏，将“六旬万寿贡品”统于10月23日星进。11月7日，日军占领大连湾，这一天正是慈禧生日，前方军情急电雪片般飞来，慈禧却不为所动。在颐和园升殿受贺，大宴群臣，连续赏戏三天，公事皆延置不办。

11月22日，北洋水师基地旅顺沦陷，慈禧仍不以为然，并反将矛头指向以光绪帝为首的主战派。11月26日，慈禧于仪銮殿召见军机大臣，时光绪帝不在座。突然宣布“瑾、珍二妃有祈请干预种种劣迹，即著缮旨降为贵人”。并将瑾、珍二妃之兄礼部右侍郎志锐遣戍乌里雅苏台。珍妃为光绪宠妃，并支持光绪对日主战。当时朝廷内一些主战官员，不满于慈禧、李鸿章对日屈膝，于是结二妃之兄志锐“密通宫闱，使珍妃进言于上”，推动光绪对日抵抗。10月28日，文廷式又亲自上奏：《倭夷入寇枢臣与疆臣各怀异志但欲求和请交部严加议处折》，弹劾李鸿章等不思督军应敌，“但欲求和”，“束手待攻”，“请旨将枢臣及北洋大臣交部严加议处，以存国法”。这时，正值慈禧起用恭亲王奕欣主持对日议和，主和空气甚嚣尘上。慈禧选择此时处罚光绪之二妃及其兄，目的在于打击主和派及向光绪示威。12月4日同时下令授恭亲王奕欣为军机大臣和撤销满汉书房，进一步的加强了主和派势力和剪除光绪周围的主战派力量。

1894年底，清廷在战事上愈不可为，慈禧求和之心更加急切。1895年1月，派张荫桓、邵友濂为全权大臣，赴日求和。日本政府借口中国使臣全权不足，拒绝开议。议和未成，使臣被拒，慈禧万分惊恐，曾命顺天府准备车骡，拟逃往山西。

日本政府于广岛拒和后，立即向北洋水师另一基地威海卫进攻，27日攻陷威海卫，北洋水师覆灭。3月初又发动辽河下游作战，六天之内，连陷牛庄、营口、田庄台。至此，以慈禧为首的投降派下定决心向日本投降，3月，派李鸿章为头等全权大臣，再次赴日乞和，4月17日签订了中国历史上空前屈辱的条约《马关条约》。消息传出后，举国大哗，愤怒声讨慈禧、李鸿章等人的卖国行为。人们在北京城门贴出“万寿无疆，普天同庆；三军败绩，割地求和”的对联表示抗议。根据《马关条约》规定，日军于6月间开始派兵侵入台湾，遭到台湾人民的奋勇抵抗，慈禧一面下令台湾大小官员内渡，并严厉禁止接济台湾抗日军民，同时又在颐和园搭起天棚，准备避暑。人们又题了“台湾省已归日本，颐和园又搭天棚”的对联，痛斥慈禧的卖国罪行。

甲午战争失败后，光绪帝愤于战败割台，欲思振作，决心变法，改革政治。1898年6月发布“明定国事上谕”，实行变法。9月，慈禧发动政变，扼杀新政，囚禁光绪帝于瀛台，开始复出训政。

1900年，八国联军入侵北京，慈禧挟光绪出逃西安。第二年2月14日批准《议和大纲》，并颁布了“量中华之物力，结与国之欢心”的无耻政策。9月7日签订了丧权辱国的《辛丑条约》。1902年回到北京。自此之后，慈禧“惕于外人之威，凡所要求，曲意徇之”。