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1895年8月6日制定「台灣總督府條例」開始施行軍政,從此,台灣的行政、立法、司法大權,均由日本駐台軍事當局總攬,台灣總督的「軍令」成為本時期治理台灣的法源。其後在1896年4月1日改為律令立法時期,但是「總督獨裁」體制從此在台確立。
本時期的「軍令統治」,表示台灣總督府是一個軍事官衙,在進行軍事討伐任務,完全以軍力來建立統治「秩序」,這時期日本把台灣當作軍事佔領地。台灣總督府在法制上,並不是依據日本帝國憲法而設立的正式國家法定機關,而是依日本首相伊藤博文的訓令,為應付軍事統治殖民地的需要而設立的事實機關。
在此軍令軍政統治時期,台灣總督獨攬著軍權、行政權、立法權(發布軍令之權)、司法權。以司法制度來說,在軍法會議或軍令之下,司法事務由總督任命的地方行政官依軍律處分。到了10月7日台灣總督公布「台灣總督府法院職制」,才在形式上設立法院,但是當時的司法組織非常簡陋。
總之,在軍令軍政時期,行政方面的法制未及建立,司法方面也極為簡陋,民事方面只好追認台灣的舊慣,刑事方面採取嚴刑峻罰的威嚇報復手段。然而,台灣殖民地法制的基本精神和基本原則,在此軍令統治開端的過渡時期建立 。
軍政時期歷經9個多月以後,在第一任樺山資紀總督的後期結束軍政,其後改為民政。但是台灣是日本的「外地」(殖民地),跟日本「內地」不同,在殖民地另定一套法制,賦予總督特殊的立法權,而在台灣採取「特別法」的方式。日本政府以法律第63號頒布「有關施行於台灣之法令之法律」,從1896年4月1日起實施,此稱之為「六三法」。其第一條規定,「台灣總督在其管轄區域內,得制定具有法律效力之命令」 。六三法施行至1906年12月31日,其後以法律第三十一號取而代之,稱為「三一法」,但在本質上還是「六三法」的延續。「六三法」和「三一法」有相當多的類似處,例如「六三法」的第一條和「三一法」的第一條,皆規定台灣總督在其管轄區內得制定具有法律效力的命令。這是律令法制時期(1896年4月~1921年12月)的26年間最重要的法源,性質上屬於「委任立法」。
「六三法」與「三一法」都是行政立法,也就是殖民地立法。日本統治者對殖民地實行差別待遇,理由說是在法制上台灣與日本本土屬於不同法域,即不同法律系統,但實際上乃是看待台灣為低一等的殖民地,才始終在台灣採取不平等的特別法制。日本本土的法律並不當然施行於台灣,因此台灣不僅在政治上、經濟上,即使在法律上也是處於日本殖民地的地位。立法權不必經議會的協贊通過,未能適用分權主義原則,台灣總督一人身兼行政、立法、司法之大權,至於軍政大權,除了文官總督時期,也都由總督掌握,殖民地的「總督政治」,一直延續到日本戰敗為止。
日本政府採取了與本土不同的「特別立法」,並不是特別尊重台灣的傳統習慣,相反的,是完全為了施行殖民政策的需要,在民事法方面除了不可能將台灣島民趕盡殺絕而不得已承認台灣民間的舊慣(舊習慣),在刑事法方面則採取嚴刑峻法、威嚇報復的手段。而且在行政法制方面,以強大而絕對的行政權力,建立獨裁的統治秩序,剝削殖民地資源,為日本帝國的「殖產興業」、「富國強兵」伸張勢力。