公司病假..

合法，你並不是因工受傷
而勞工法例裡都有列明

http://www.labour.gov.hk/faq/cap57g_whole.htm#Q2

問1. 可 否 累 積 有 薪 病 假 日？
答1. 可 以。 有 薪 病 假 日 最 多 可 累 積 至 120天。 僱 員 根 據 連 續 性 合 約 受 僱， 在 最 初 受 僱 的 12個 月 內， 每 受 僱 滿 一 個 月 即 可 累 積 有 薪 病 假 日 2天。 其 後， 每 受 僱 滿 一 個 月 即 可 累 積 有 薪 病 假 日 4天。
有 薪 病 假 日 分 為 兩 類。 第 一 類 是 最 初 累 積 的 36天， 而 第 二 類 則 是 其 後 的 84天。 （關 於 第 一 類 和 第 二 類 有 薪 病 假 日 的 資 料， 請 按 此 處 參 閱 答 2。）

問2. 僱 員 在 甚 麼 情 況 下 可 享 有 疾 病 津 貼？
答2. 如 屬 以 下 情 況， 僱 主 該 支 付 疾 病 津 貼 給 僱 員：

a. 僱 員 已 累 積 了 所 放 取 有 薪 病 假 日 的 數 目；

b. 所 放 取 的 病 假 不 少 於 連 續 四 天； 以 及

c. 僱 員 能 夠 出 示 適 當 的 醫 生 證 明 書。

僱 員 如 放 取 第 一 類 有 薪 病 假， 須 有 由 註 冊 醫 生、註 冊中 醫 或 註 冊 牙 醫 簽 發 的 醫 生 證 明 書。

僱 員 如 放 取 第 二 類 有 薪 病 假， 須 有 由 他 在 醫 院 門 診 部 或 留 院 時 為 他 診 治 的 註 冊 醫 生 、註 冊 中 醫 或 註 冊 牙 醫 簽 發 的 醫 生 證 明 書。 （關 於 第 一 類 和 第 二 類 有 薪 病 假 的 定 義， 請 按 此 處 參 閱 答 1。）

按你情況, 出水痘一般需要七日時間待水豆結疤後傳染性消失才可以返工, 所以醫生應該會開七日病假. 而按勞工法例病假連續四日或以上並有香港政府註冊醫生發出的假紙(註冊中醫亦可以), 可以在病假中領享五分四薪金.
如果醫生真係發出七日假紙, 而公司只當兩日病假, 餘下日數扣大假(你既有薪假意思係每年既大假?), 咁就係違反勞工法例, 可以往勞工處要求協助.
上述情形是假設你有七日醫生假紙, 相反, 如果你只得三日醫生假紙, 按勞工法例是無薪病假, 公司俾你兩日有薪病假已高於勞工法例最低要求.
你既問題欠缺最重要資料就係醫生究竟俾你幾多日病假
圖片參考：http://hk.yimg.com/i/icon/16/33.gif
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病假應由香港註冊醫生發出証明, 并非由公司決定, 由註冊醫生發出的連續四天或以上的病假可支薪4/5, 少於四天則為無薪. 詳見香港勞工法規定如下:

第五章：疾病津貼
有薪病假的累積方法
僱員按連續性合約受僱，在最初受僱的12個月內每服務滿1個月，便可累積2天有薪病假；之後每服務滿1個月可累積4天。有薪病假最多可累積至120天。
領取疾病津貼的資格
僱員領取疾病津貼須符合以下資格：
1. 病假不少於連續4天（除懷孕僱員因産前檢查、產後治療或流産而缺勤，在這些情況下，如符合下述的規定，每一天病假均可享有疾病津貼）；
2. 僱員能夠出示適當的醫生證明書（請參考本章「有薪病假的類別」部份）；及
3. 僱員已累積足夠的有薪病假(見上文第一段)。
僱員在下列情況不可享有疾病津貼：
• 如僱主辦有經衛生署署長認可的醫療計劃，僱員無合理解釋，拒絕接受醫療計劃下的公司醫生診治或不聽從該等醫生的指導。(如僱主所經辦的認可醫療計劃沒有涵蓋某一醫療系統的治療，則僱員仍可選擇向該沒有被涵蓋的醫療系統下的任何註冊醫生、註冊中醫或註冊牙醫求診)；
• 病假適逢法定假日而僱員可享有該假日薪酬；或
• 僱員因工受傷，根據《僱員補償條例》，可獲得補償。
疾病津貼
疾病津貼的每日款額相等於僱員在以下「指明日期」前12個月內所賺取的每日平均工資的五分之四。如僱員的受僱期不足12個月，則以該段較短期間計算。