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依農業發展條例第37條：作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。
農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第５條：農業用地有下列情形，且無第六條及第七條之情形者，認定為作農業使用：
一、農業用地實際作農作、森林、養殖、畜牧、保育使用者；其依規定辦理休耕、休養、停養或有不可抗力等事由而未使用者，亦得認定為作農業使用。
二、農業用地上興建有農舍或施設有農業設施，並檢附合法證明文件者。
農地買賣時想要免繳土地增值稅，就必須申請核發農業用地作農業使用證明書，而欲申請該證明書，該筆土地必須為農用，且房舍均必須合法才行。
您的土地上有未申請許可之房舍，該筆土地就不屬於農業使用，所以買賣時，就無法免繳土地增值稅，而農業資材是不能有衛浴、廁所、廚房．．．等不是農業使用之設施或器具。
申請農業資材室前需先清除不屬於農業使用之設施或器具，等農業設施容許使用同意書拿到後，再申請核發農業用地作農業使用證明書，如此買賣才不用繳土地增值稅。
依農業發展條例８－１條：農業用地上興建有固定基礎之農業設施，應先申請農業設施之容許使用，並依法申請建築執照。但農業設施面積在四十五平方公尺以下，且屬一層樓之建築者，免申請建築執照。本條例中華民國九十二年一月十三日修正施行前，已興建有固定基礎之農業設施，面積在二百五十平方公尺以下而
無安全顧慮者，得免申請建築執照。
您的房舍若超過４５平方公尺，則需有證明是９２年１月１３日前興建的，再經建築師或相關技師安全簽證後，才不用申請建築執照。
至於申請農業設施及農業使用證明的費用，各縣市不一樣，若不用申請建照，45平方公尺以下，大約2.5萬元左右，45平方公尺以上，包含安全簽證費用，大約5至7萬元不等。
若要申請建照，大約再加5萬元(依您說房子是89年前蓋的，則無需此項)。
