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人類和很多動物(除了少數魚類)的瞳孔由不自覺的虹膜伸縮控制大小,以調節劑入眼內的光線強度。此稱為瞳孔反射。例如,人類瞳孔在強光下直徑大約1。5毫米,在暗淡光線中擴大到8毫米左右。
動物的瞳孔形狀由玻璃體的光學特性、視網膜的形狀和敏感度,以及物種的生存環境和需要決定。一般為圓形或縫狀,有些水生動物的瞳孔則有更奇異的形狀。
縫狀瞳孔常見於活動在不同光線強度下的動物。在強光下,這類瞳孔縮成細縫,然而仍然允許光纖落到視網膜很大部分。開縫的方向可能與動物需要以高敏感度察覺的運動方向有關。例如家貓的瞳孔為豎立,便於察覺老鼠等獵物的橫向運動。很多蛇類也是縫狀瞳孔。
在用閃光燈照相的時候,瞳孔來不及及時關閉,閃光照亮眼底血管豐富的視網膜,形成紅眼現象。具有「防紅眼」功能的相機是預閃一次光,使瞳孔在正式閃光的時候已經達到收縮狀態。
交感神經的信號可導致擴瞳肌肉收縮,從而擴散瞳孔。面部交感神經受損可以導致單側瞳孔縮小(Horner's syndrome)。
人類在看到引起興趣的物品,或者興奮的時候瞳孔也會擴大。心理學的研究發現,瞳孔大於平均的人臉,特別是女性的臉被認為更美。
阿托品等藥物可以擴散瞳孔,視光學中用來消除驗光過程中瞳孔反射的影響。另外LSD、古柯鹼等毒品也可導致瞳孔擴散。
瞳孔擴散被用來判斷死亡。
眼睛遇到強光時,虹膜括約肌(iris sphincter muscle)收縮導致瞳孔縮小以保護眼底。這個過程受腦幹支配。因而醫學上用失去瞳孔反射來判定死亡。
人看到厭惡或憎恨的對象的時候瞳孔會收縮。另外嗎啡、海洛因等藥物也會導致瞳孔縮小。