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MS-DOS及IBM PC-DOS是由86-DOS演變出來。而86-DOS是由CP/M(Control Program/[for] Microcomputers)啟發出來。CP/M主要是用於當年8-BIT的INTEL 8080及ZILOG 80的微型電腦。CP/M是由SEATTLE COMPUTER PRODUCTS(SPC)公司的TIM PATERSON為DIGITAL RESEARCH公司發明的。當時的CP/M-80原意是用來作內部測試SCP的新CPU 8086。其後微軟以50000美元買了它的版權,稍作修改便授權賣給IBM使用,名為PC-DOS,適用於8088 CPU。其它公司則以MS-DOS來銷售。
微軟於1980年10月購買非專利86-DOS的使用權,期後於1981年7月購買了86-DOS的專利版權,並命名為MS-DOS。
而IBM版的PC-DOS 1.0亦於1981年8月推出,支援最大640KB RAM及最多4個160KB的5.25吋單面磁碟。
1982年5月推出的PC-DOS 1.1已支援320KB雙面的磁碟。
1983年3月PC-DOS及MS-DOS推動2.0版,是第1個支援硬碟的版本,並同時支援180KB(單面)及360KB(雙面)9 SECTORS PER TRACK的磁碟(舊款磁碟只用8 SECTORS PER TRACK)。
同時於同年的11月,微軟亦宣佈推出首個使用圖像介面操作的DOS - WINDOWS 1.0!但未能準時推出。直至1985年11月才正式推出完成版的WINDOWS 1.01。
1984年9月推出MS-DOS 3.0,首次支援1.2MB磁碟及32MB硬碟。同年11月推出MS-DOS 3.1,加入NETWORK功能。
1986年4月推出MS-DOS 3.2,支援720KB的3.5吋磁碟。之前的版本亦隨機安裝附運,視作為電腦的標準設備。
1987年4月推出MS-DOS 3.3,支援硬碟PARTITION及1.44MB的3.5吋磁碟。
1988年7月推出MS-DOS 4.0,支援2GB硬碟(當時通用的硬碟為40~60MB)。同年推出除蟲版的MS-DOS 4.01。
1991年4月推出MS-DOS 5.0,內置QBASIC語言翻案軟件及整頁式的程式編輯軟件(之前的都是單行的程式編輯)。加入DISC CACHE,UNDELETE及其它功能。其後推出除蟲版的MS-DOS 5.01。
1992年3月推出WINDOWS 3.1,成為首個普遍使用的視場系統,售出超過1000000個。
1993年3月推出MS-DOS 6.0。加入DISK COMPRESSION軟件DOUBLE SPACE。當時通用的硬碟為200~400MB,用家對硬碟儲存量需求極大。同時亦加入DISK DEFRAGMENT軟件DEFRAG,BACKUP軟件MSBACKUP,MEMORY OPTIMIZATION軟件MEMMAKER及防病毒軟件MSAV。
由於MS-DOS 4.0/5.0/6.0滿佈臭蟲,引至資料消失,其後推出MS-DOS 6.2,改良了DOUBLE SPACE軟件及加入磁碟檢查功能SCANDISK。
1994年3月推出MS-DOS 6.21,因法律問題微軟被STAC ELECTRONICS公司控告,將DOUBLE SPACE軟件刪除。
1994年4月MS-DOS 6.22,使用購自VERTISOFT SYSTEMS的壓縮技術製成的DRIVESPACE軟件。MS-DOS 6.22亦成為微軟最後推出的獨立版本通用軟件。
2001年11月30日微軟停產MS-DOS。微軟曾為銀行界及美國軍方推出MS-DOS 6.23~6.25。這些OS支援FAT32功能。自此MS-DOS 7.0便成為WINDOWS的一部份。
而IBM最後一個公開發售的PC-DOS 7.0亦於1995年初推出。