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要分析有關罪行與教義有關，還是個別人士問題，應從史實出發研究。恕本人對中世紀西方史認識不足，只能憑手上所有之史料研究。而對於每宗罪行，亦應審視該罪之發生係源於個別人士的道德問題還是耶教教義之問題。
部份著名之耶教罪行如下。篇幅關係，有些未能一一詳列，敬願有心者自行考查。
一、十字軍東征：一零九六至一二九一年間，十字軍東征先後共八次，以徹底失敗告終。
究其原因，人所共知，東征乃源於西方掌權之耶教徒不滿耶經中之「聖城」耶路撒冷被回教徒所佔之事實，遂出兵企圖奪回。史實有載，一零九五年，教皇烏爾巴諾二世於宗教會議中作出號召，說要從異教徒手中奪回「主之墳墓」，並表示戰士可免罪（此所謂罪乃原罪論之所謂「罪」），戰死者則可上天堂。雖然參加東征的集團各有目的，唯若無「聖戰」之旗號，有關戰爭相信無法號召。
十字軍東征所犯戰爭罪行包括大量屠城行為：如一零九九年攻陷耶路撒冷後向猶太人與回教徒開展大屠殺，三萬多人遇害；又如一二零四年十字軍突襲並攻佔君士坦丁堡，屠城遇害者數以萬計。
究竟東征之罪源於教義，還是個別人士的問題？
先假設係後者。若是後者，則屠城所為應是個別人士，或者只有三五人，斷無可能是集體進行。然而，史實所載，有關屠殺暴行乃整隊十字軍一起進行。
耶教徒當會辯護，此為戰爭之必然。但所謂戰爭之必然，乃兩軍相遇時互相殺戮，剪屠手無寸鐵的百姓斷非戰爭之必然。
再看看耶教教義──《出埃及記》章廿二節二十：「祭祀別神，不單單祭祀耶和華的，那人必要滅絕。」《歷代志下》章十五節十三：「凡不尋求耶和華以色列神的、無論大小、男女、必被治死。」
由於──一、罪行集體所犯；二、吻合剪除異教之教義──故可斷定十字軍東征之罪乃宗教本身的問題，而非個別人士問題。
二、以權鎮壓異端：甲、於一二零九至一二二九年血腥鎮壓批判教會制度、活躍於法國南部的Cathar教派，其間行刑的十字軍難辨該派人士與普通平民，教皇使者遂下令寧枉毋縱，一律殺光。乙、在位教皇Lucius III於一一七九年禁止反神職人員腐化的Valdes教派傳教。丙、在位教皇洪諾留三世於一二二零年設立審判異端之宗教裁判所，有幾世紀歷史；審訊秘密進行，只要有兩人作證控告便依法成立，另外可依法對不認罪者用刑，遇害者因而達數十萬之多。丁、一五四七年，英王愛得華六世下令鎮壓宗教改革起義者，殺過萬人。戊、一五五三年，信天主教之英女王瑪麗下令處死數百新教徒。己、一五七二年，信天主教之英王太后凱瑟林．德．美迪奇批准伏擊新教領袖，數千人被殺。
有關「異端」實同屬耶教之分支，中世紀之「異端」相信全都有一共通點：不服於教會權柄及制度。而在位掌權者幾乎不謀而合無一採取包取態度，非殺即禁止傳教，等同要剪除有關「異端」思想，而剪除之手段即使用權力。
從史實所見，教會或國家掌權者面對不服的異見者，並無試圖以理服人或者就彼此神學觀點之異互相交流磋商，而採用一種近似「強權即公理」之內在理則去加之以壓迫。這完全吻合了耶教教義《羅馬書》章十三首兩節：「凡掌權的都是神所命的。所以，抗拒掌權的就是抗拒神的命；抗拒的必自取刑罰。」
由於該罪屬歷代所犯，非只歸一人，而吻合耶經君權神授之誨，故亦可斷定鎮壓異端之罪乃宗教本身問題，非個別人士問題。
三、屠殺土著：西班牙於十六世紀進入拉丁美洲，以死相迫當地人信耶教，導致人口急降。
此宗罪行之情形與十字軍東征相若，不贅。
四、迫害科學家：甲、天文學家伽利略發表學說後，被迫於宗教裁判所簽認錯書，死於獄中。乙、哲學家布魯諾（G. Bruno）因反對三位一體說及支持哥日尼學說，被剪舌並燒死。丙、解剖學家維薩留斯（A. Vesalius）發表《人體構造》，被教會判死。丁、解剖學家塞爾維特（Miguel Servet），著有《論三位一體的謬誤》，被新教重要派別喀爾文教派的創始人加爾文（Jean Chauvin）下令慢火燒烤二小時。加爾文去世前幾年更有言如下：「名譽、榮耀和財富是您所受痛苦的報償；但在此之前須得清理那些攛掇人們造反的惡棍的地盤。這樣的怪物必須被消滅，就像我消滅彌貴爾．塞爾維特，那個西班牙人一樣。」戊、思想家拉美特利（La Mettrie, Julien Offroy de），有無神論著作《人是機器》，教會焚燬其著作，並以死威嚇，拉美特利被迫逃亡終生。
該批科學家被迫害，大致原因如下：一、學說與《耶經》有悖：丙、戊屬此類，因《耶經》表明人係神用泥造，又表明神從亞當身上摘取肋骨成人。二、與掌權教會人士對《耶經》看法不一致：乙、戊屬此類。至於甲，耶教辯護者與反對者似乎各執一辭，本人未敢妄斷。
若因前者而被迫害，則可直指以下教義：《提摩太後書》章三節十六：「聖經都是神所默示的」；《羅馬書》章三節四：「神是真實的、人都是虛謊的。」《耶經》既是絕對真理，與之相悖之學說皆是「敵真道」的。再看《提摩太後書》章六節二十：「提摩太阿、你要保守所託付你的、躲避世俗的虛談、和那敵真道似是而非的學問。」經上這樣描述「偏離正路」者：《羅馬書》章三節十三：「他們的喉嚨是敞開的墳墓。他們用舌頭弄詭詐。嘴唇裡有虺蛇的毒氣。」因而律法便有作用，同章節十九續言：「我們曉得律法上的話、都是對律法以下之人說的、好塞住各人的口、叫普世的人都伏在神審判之下。」
因此，不少科學家因學說與《耶經》有悖而被滅口的現象，是可被理解為耶教教義的體現。
至於與掌權者神學觀點不一而被處，亦可謂應了《羅馬書》章十三節二之義。
固然，有些個別基督徒行不善之舉，屬個人操守問題，不可歸罪耶教。但以上已說明，若干被基督教研究者標籤為「基督教罪行」者，很多都與該教教義本身有切身關係，不能歸罪於單一個體所為。
以上盡量以中立角度分析耶教罪行，並以歷史及宗教角度究其原因。凡一教或一思想價值，無可能完全正確，必有善、亦有不善，還望各位耶教徒能公正審視，並以史為鑒。
附：已嘗試考究部份史料之真確性及比較不同版本（尤是護教者與反基者之版本），唯因時間有限，若見無心之失，請不吝置以合適評價，感激。
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《聲明》
按香港法律第五百二十八章，本篇屬版權法下受保護作品。
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參考書目
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