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日本在十四世紀分裂為南北朝,是日皇希望從幕府武士手上奪回政權有關。
先回顧日本之前的歷史,日本於七世紀仿傚唐代中國建立律令國家,日皇本來像中國皇帝般是一國的元首,擁有絕對權力。但後來權力落入外戚藤原家族手中,日皇為奪回權力,招攬新興起的地方武士團,對付藤原家族。結果成功將藤原家族拉下台,但自此武士介入並控制朝廷。藤原氏倒台後,平氏與源氏兩大武士團互相攻伐,最初平氏取勝並執掌政權,但後來源氏反撲成功並消滅平氏,執掌政權。公元1192年,源氏領導源賴朝任為征夷大將軍,在鎌倉成立第一個以武士為首的幕府政權--鎌倉幕府。自此以外,日皇只是一個有名無實的國家領導,日本政治實權落入幕府大將軍手中,一直至明治維新為止。
但在十四世紀,當時鎌倉幕府已統治日本百多年,當時後醍醐天皇立心恢復日皇的政治實權,而當時日本剛擊退蒙古入侵,當時在日本西部的武士們曾為保衛國家立下大功,但鎌倉幕府沒有加以獎賞,引起武士廣泛不滿,幕府的基礎被削弱,後醍醐天皇於是把握機會,舉兵討伐幕府,日皇得楠木正成為首的武士團為主力與幕府戰鬥,加上各地其他不滿幕府已久的武士勤王軍,漸取得上峰。幕府以足利尊氏領軍迎戰勤王軍,但足利尊氏反而向後醍醐天皇投誠,領軍倒戈,結果鎌倉幕府倒台。後醍醐天皇於1333年改元建武,廢除幕府,恢復日皇在藤原氏掌權以前的絕對權力,史稱建武新政。
但後醍醐天皇在親政後錯估形勢,他掌政後立心擴張皇室的權力,但對很多支持他討伐幕府的武士獎賞不公,甚至疏遠,引起武士反感,而一手摧毀鎌倉幕府的足利尊氏,在此時乘機密謀起事,他利用討平鎌倉幕府餘黨的機會進軍鎌倉,公然反對天皇政權,公元1336年,足利尊氏聯合反對天皇新政的武士進攻京都,支持天皇的武士楠木正成兵敗後切腹自殺,足利尊氏攻下京都,廢後醍醐天皇並將他囚禁,另立光明天皇,兩年後足利尊氏被任為幕府大將軍,他的家族建立的幕府稱為室町幕府。後醍醐天皇主持的建武新政只維持三年,日本政治實權又重新落入幕府武士手中。
但後來後醍醐天皇成功逃離京都,在京都南面90公里的吉野建立行宮聽政,於是日本朝廷就一分為二,在京都由室町幕府控制的朝廷為『北朝』,後醍醐天皇在吉野建立的朝廷為『南朝』,所以,若以天皇為正統,南朝才是正統,北朝天皇只是室町幕府的傀儡。不過日本天皇大權旁落已久,也很難說那個是正統。
直至1392年,南北朝分裂了五十多年,當時足利尊氏孫子足利義滿出任幕府將軍,成功誘使南朝天皇退休,結束南北朝分裂。