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中华民国元年(1912年),废宣化县,直属广西军政府。民国2年6月撤南宁府存南宁县,同时在武鸣设邕南道,直属于省军政府,下辖南宁、武鸣、隆安、那马、隆山、上林、宾阳、永淳、横县等10个县及3个土州和8个土司;10月,广西省政府从桂林迁至南宁。民国15年,广西省撤道设行政区,南宁区辖邕宁、宾阳、横县、永淳、扶南、绥绿、隆安、同正、上思等9县。民国16年7月设南宁市政府,与邕宁县政府合署办公;11月,撤消市级建制。民国23年(1934年),广西省改按数码称区名,南宁为第九区。民国25年(1936年)广西省会由南宁迁桂林。民国31年4月,原第八区、第九区合并为第四行政区,行政督察专员公署设在南宁。领邕宁、永淳、横县、宾阳、上林、武鸣、隆山、那马、平治、果德、隆安、都安、同正、扶南、绥渌、上思16个县。抗日战争期间,南宁两次遭日军侵占。
1949年12月4日,南宁解放。将南宁城及附近的16个自然村从邕宁县划出,成立直辖广西省的南宁市。周边为广西省南宁专区。1950年1月23日南宁市人民政府正式对外办公;2月初,南宁市郊扩大至21个自然村并设立郊区工委(辖一、二、三共3个区)。1950年2月8日,广西省人民政府成立,省会设在南宁。1951年1月25日,撤销武鸣专区,所属武鸣、上林、隆山、隆安、那马、5个县并入南宁专区。1952年8月11日,隆山、那马两县合并置马山县;同时南宁专区更名宾阳专区。1952年10月将南宁城区划为四、五、六区(53年3月改二、三、四区)。1952年12月南宁为桂西僮族自治区(1956年改为桂西僮族自治州)驻地。桂西僮族自治区辖宾阳、崇左、百色、宜山四个专区。1953年3月郊区3个区合并为第一区。1953年4月23日,撤销永淳县,其行政区域分别并入邕宁、横县、宾阳3个县;同时宾阳、崇左两专区合并置邕宁专区。1954年,撤销邕宁专区,所属各县由桂西僮族自治区管辖。1955年7月,南宁市人民政府改称南宁市人民委员会;12月25日撤销城区建制,成立13个街道办事处(后于57年增至16个)。1956年3月2日,桂西僮族自治区更名为桂西僮族自治州。1957年12月20日, 撤销桂西僮族自治州,复设邕宁专区。1958年3月5日,广西壮族自治区成立,南宁市成为自治区首府。1958年7月,南宁市设立江宁、兴宁、永宁3个市辖区,撤消大部分街道办事处,保留少数边远街道办事处作为其所在区的派出机构。1958年9月,南宁市划归邕宁专署统一领导;11月14日,邕宁专区更名为南宁专区。1959年1月,邕宁县西部的心圩、那洪等20个乡划入南宁市郊区。1960年7月,那龙、坛洛、吴圩、苏圩4个大公社和老口公社(后更名江西公社)的大部分地区划回邕宁县。1961年5月,南宁市与南宁专署分开,直属于广西壮族自治区。1962年1月撤消城区建制,在市人民委员会设立街道工作委员会。1968年4月13日,成立南宁市革命委员会,取代中共南宁市委和南宁市人民委员会。1971年,南宁专区改称南宁地区。1978年,南宁地区革命委员会改称南宁地区行政公署。1979年3月南宁市设立新城、永新、江南、朝阳、衡阳5个市辖区。1980年4月朝阳区改称兴宁区,衡阳区改称城北区。6月28日南宁市七届人大决定撤消南宁市革命委员会,恢复南宁市人民政府。1982年8月2日,国务院批准将南宁地区邕宁县的那龙、江西、坛洛三个公社(即现在的双定、江西、坛洛、金陵4个镇)划归南宁市管辖。1983年10月8日,国务院批准将南宁地区邕宁、武鸣二县划归南宁市管辖。1984年1月移交,南宁市人民政府4月正式接管。1984年8月,市郊区建制恢复;12月,郊区人民政府成立。1992年6月15日,国务院决定南宁市为对外开放城市。2001年11月15日,国务院批准撤销南宁市郊区。2002年12月23日,国务院批准撤销南宁地区,将原南宁地区的横县、宾阳、上林、马山、隆安5县划归南宁市管辖。2003年6月27日南宁市人民政府正式接管。2004年9月15日,国务院批准调整南宁市市辖区行政区划,撤销城北区,永新区、邕宁县,设立西乡塘区、良庆区、邕宁区,将新城区更名为青秀区。2005年4月30日,新设立的各城区政府正式成立。至此,南宁市共管辖兴宁、青秀、江南、西乡塘、良庆、邕宁6城区和武鸣、隆安、马山、上林、宾阳、横县6个县。