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港大醫學院命名為李嘉誠醫學院一事,曾經引起部分港大醫學院校友不滿,立法會 醫學界代表議員郭家麒更發起聯署、靜坐抗議,事件鬧得沸沸揚揚,但身為港大醫學院長的林兆鑫沒有半點退讓,堅持所做的是為醫學院謀發展。
林兆鑫上世紀60年代畢業於港大醫學院後,一直在醫學院工作,研究幽門螺旋桿菌與胃潰瘍的關係,令他成為國際知名腸胃科教授。他於03年本應退休,卻不退不休,並成功競逐得5年合約,擔任港大醫學院全職院長,合約本來在明年8月才約滿。
在03年SARS期間,林兆鑫公開讚揚時任特首董建華及前衛生福利及食物局長楊永強在SARS期間表現佳,另一方面在《南華早報》撰文,批評威爾斯親王醫院及中文大學處理SARS的手法,在防疫控制方面不夠敏感,要用上兩周才決定禁止訪客探病,惹來威院逾百醫護人員不滿。SARS後,楊永強離職,外界有傳林兆鑫會接替楊,擔任局長一職,但其後周一嶽接替有關職位。