光系統由多種色素組成,如葉綠素a(Chlorophyll a)、葉綠素b(Chlorophyll b)、類胡蘿蔔素(Catotenoids)等組成。既拓寬了光合作用的作用光譜,其他的色素也能吸收過度的強光而產生所謂的光保護作用(Photoprotection)。在此系統裡,當光子打到系統裡的色素分子時,會如圖片所示一般,電子會在分子之間移轉,直到反應中心為止。反應中心有兩種,光系統一吸收光譜於700nm達到高峰,系統二則是680nm為高峰。反應中心是由葉綠素a及特定蛋白質所組成(這邊的葉綠素a是因為位置而非結構特殊),蛋白質的種類決定了反應中心吸收之波長。反應中心吸收了特定波長的光線後,葉綠素a激發出了一個電子,而旁邊的酵素使水裂解成氫離子和氧原子,多餘的電子去補葉綠素a分子上的缺。然後葉綠素a透過如圖所示的過程,生產ATP與NADPH分子,過程稱之為電子傳遞鏈(Electron Transport Chain)。