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秦始皇還把嚴刑峻法施之於思想領域,大肆統制思想,禁錮思想自由。公元前二一三年,丞相李斯上書曰:『臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職,天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者,悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》、《書》者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十曰不燒,黥為城旦。所不去者,醫藥、卜筮、種樹之書。若欲有學法令,以吏為師。』(《史記.秦始皇本紀》),始皇完全採納之,此即著名之『焚書令』。次年,因一些代秦始皇求長生不死仙藥的方士口出謗言、非議朝政,又相邀逃亡,始皇乃令御史偵查首都之儒生方士,逮捕其中之四百六十餘人,『皆阬之咸陽,使天下知之,以懲後』(《史記.秦始皇本紀》)。後『又令冬種瓜驪山,實生,命博士諸生就視,為伏機,殺七百餘人』(《文獻通考.學校考》)。
以吏為師即只以官吏為師, 只學習跟行政有關的學問