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參閱高雄捷運外勞弊案、台灣土地開發公司內線交易案
2005年8月高捷外勞弊案爆發,由於前總統府秘書長陳哲男被指控接受廠商招待出國,第一家庭和總統府的清廉也開始遭到懷疑,立法委員邱毅更在之後不斷爆料有關總統府及第一家庭的弊案和醜聞。於是這些成為了台灣媒體長期以來追隨的焦點。
2006年5月25日,陳水扁的女婿趙建銘,由於涉及台灣土地開發公司的內線交易案,遭臺北地院裁定收押禁見。這使得民進黨和陳水扁總統的聲望受到重大的打擊。而總統夫人吳淑珍也被指控收受太平洋SOGO崇光百貨禮券及炒股、投資基金,但仍然沒有確實的證據。
如今許多媒體和立法委員以「一妻(總統夫人吳淑珍)、二祕(前總統府副祕書長陳哲男、前總統府副祕書長馬永成)、三師(律師林志豪、醫師黃芳彥、會計師張兆順)、四親家(趙玉柱、簡水綿、趙建銘、趙建勳)」來形容總統府和第一家庭在弊案和醜聞中的關鍵人物和利益關係。
2006年5月31日,陳水扁宣示「三個決定」(自清、革新、權力下放)與「一個決心」(說到做到、堅持到底),交出黨政權力,尊重行政院職權。但權力下放的舉動仍然消減不了在野黨和部分民眾對於陳水扁不滿的聲音,在野黨準備在立法院提出總統罷免案。但目前為止,司法機構尚未確認陳水扁直接牽涉任何一件弊案(國務機要費案尚在偵辦當中,檢察官已當面告訴陳水扁,「你可能已經犯罪」)。因此部分泛綠人士批評罷免等倒扁行動為「一人犯法,罪及妻孥、株連九族」。