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聖保祿學院(Colégio de São Paulo)(或稱天主聖母學院),是天主教耶穌會在1594年於澳門創立的一間高等學院(當時的大學),亦為東亞地區的第一所高等學院,位置座落於聖保祿教堂(現大三巴牌坊)與大炮台之間,屬於一所傳教士學院,而辦學經費主要由葡商提供支持。
耶穌會早於1565年便於聖安多尼教堂側建立第一所僅具小學規模的會院——聖保祿公學,及後在聖保祿山(或柿山)上興建一所設備更完善的會院。1594年會院升格為大學規格的學院,為中西文化交流奠下重要的基石。而在當時,耶穌會亦規定所有到中國傳教的傳教士必先到聖保祿學院進修中文以及中國文化,令聖保祿學院更為鼎盛。據記載,曾在聖保祿學院進修而到中國傳教的傳教士大約有二百多人,不少更成為研究中國文化的的學者。
聖保祿教堂附屬於聖保祿學院,但先後於1595年及1601年遭遇火災,而學院本身則於1762年因「反耶穌會風潮」而關閉。
1835年1月的一場大火,令聖保祿學院遺址以及聖保祿教堂付之一炬,僅餘教堂前壁仍健全,成為今天著名的大三巴牌坊。